PDB-1p27: Crystal Structure of the Human Y14/Magoh complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p27

タイトル

Crystal Structure of the Human Y14/Magoh complex

要素

Mago nashi protein homolog
RNA-binding protein 8A

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA-binding / Nuclear protein / mRNA splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

exon-exon junction subcomplex mago-y14 / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exon-exon junction complex / regulation of mRNA processing / mRNA 3'-end processing / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lau, C.K. / Diem, M.D. / Dreyfuss, G. / Van Duyne, G.D.

引用

ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of the y14-magoh core of the exon junction complex.
著者: Lau, C.K. / Diem, M.D. / Dreyfuss, G. / Van Duyne, G.D.

履歴

登録	2003年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p27.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p27.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p27_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p27_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	1p27_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	1p27_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fk3-d 6p3d-1 6n0p-d 4xv1-d 6o5z-d 4pp7-d 1uwj-d 3og7-d 4e4x-d 4fc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mago nashi protein homolog

B: RNA-binding protein 8A

C: Mago nashi protein homolog

D: RNA-binding protein 8A

58.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Mago nashi protein homolog

B: RNA-binding protein 8A

ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mago nashi protein homolog

D: RNA-binding protein 8A

ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.150, 108.455, 50.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mago nashi protein homolog 分子量: 16945.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAGOH / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61326
#2: タンパク質	RNA-binding protein 8A / RNA binding motif protein 8A / Ribonucleoprotein RBM8A / RNA-binding protein Y14 / Binder of OVCA1- 1 / BOV-1 分子量: 12138.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM8A OR RBM8 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5S9
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.2
3	25 %	MPD	1	reservoir
4	20 mM		1	reservoir		CaCl2

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.7114, 1.7113, 1.6755

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.7114	1
2	1.7113	1
3	1.6755	1

反射

解像度: 2→46.11 Å / Num. all: 33810 / Num. obs: 33810 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.07

反射

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 54 Å / R_merge(I) obs: 0.07

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 83 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.225

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→46.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 5.42 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26828	1701	5 %	RANDOM
R_work	0.21985	-	-	-
obs	0.22232	32107	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3866	0	0	100	3966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.953	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	8182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.992	5	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.36	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	1.5	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.759	2	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.414	3	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.895	4.5	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	103
R_work	0.268	2150

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8302	0.7878	-1.0668	2.3477	-0.1856	2.0401	0.1451	0.1969	-0.2751	-0.0002	-0.0516	0.1729	0.0573	-0.1961	-0.0935	0.1761	0.0399	-0.1052	0.2223	-0.0447	0.2116	0.3824	-30.6009	18.6055
2	1.7937	-0.0288	-1.4578	2.9338	-0.1646	3.3361	-0.2637	0.0648	0.006	-0.0496	0.0688	0.1168	0.0248	0.0042	0.195	0.1992	0.0297	-0.076	0.2439	-0.0272	0.1575	14.2365	-37.4592	-0.5268
3	3.8755	0.269	-1.6692	3.6218	0.7807	3.4553	0.536	-0.1442	0.8161	0.3074	-0.095	0.0608	-0.5006	0.0947	-0.441	0.255	-0.0422	0.161	0.0787	-0.0707	0.2876	7.024	-9.9125	25.9099
4	3.8335	0.9201	-2.4551	3.1231	-0.4387	3.3633	-0.5343	-0.2782	-0.6435	0.0407	0.1139	-0.206	0.5398	0.2361	0.4204	0.3871	0.1318	0.2371	0.0763	0.0514	0.2464	18.3839	-60.2143	1.2065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 145	2 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	3 - 145	2 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	64 - 155	15 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	64 - 155	15 - 106

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 54 Å / R_factor R_free: 0.269 / R_factor R_work: 0.219

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.65

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.323 / R_factor R_work: 0.272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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