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- PDB-1oyk: Crystal Structures of the Ferric, Ferrous, and Ferrous-NO Forms o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oyk
タイトルCrystal Structures of the Ferric, Ferrous, and Ferrous-NO Forms of the Asp140Ala Mutant of Human Heme Oxygenase-1: Catalytic Implications
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme oxygenase / heme degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of leukocyte migration / smooth muscle hyperplasia / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / cellular response to cisplatin / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of leukocyte migration / smooth muscle hyperplasia / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / cellular response to cisplatin / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / cellular response to arsenic-containing substance / heme catabolic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / endothelial cell proliferation / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Heme degradation / erythrocyte homeostasis / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of ferroptosis / negative regulation of macroautophagy / cellular response to cadmium ion / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of macroautophagy / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to nicotine / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / response to oxidative stress / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / heme binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Lad, L. / Wang, J. / Li, H. / Friedman, J. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of the ferric, ferrous, and ferrous-NO forms of the Asp140Ala mutant of human heme oxygenase-1: catalytic implications
著者: Lad, L. / Wang, J. / Li, H. / Friedman, J. / Bhaskar, B. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.
履歴
登録2003年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9424
ポリマ－53,7092
非ポリマー1,2332
水1,78399
1
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4712
ポリマ－26,8551
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4712
ポリマ－26,8551
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.665, 77.662, 100.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1 / E.C.1.14.99.3 / HO-1 / heme oxygenase (decyclizing) 1


分子量: 26854.605 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-233 of SWS P09601 / 変異: Asp140ala / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heme-complexed / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1 / プラスミド: pCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammomium sulphate, 1,6 hexane-diol, HEPES, water, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.08 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.5
30.9 %(v/v)1,6-hexanediol1reservoir
445 mg/mlprotein1drop
520 mMpotassium phosphate1droppH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 119 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 33028 / Num. obs: 14071 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 19.8
反射
*PLUS
Num. obs: 33028 / Num. measured all: 135214 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QQ8

1qq8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.59→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3087 --random
Rwork0.2335 ---
all0.23351 14071 --
obs0.23351 14071 97.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 86 99 3669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_1.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.59-2.680.4565530.335113099.3
2.68-2.790.3712660.30113269.42
2.79-2.920.3977740.271412929.18
2.92-3.070.3086730.272713159.35
3.07-3.260.3695720.267113139.33
3.26-3.510.313700.255613259.42
3.51-3.870.4268530.28410827.69
3.87-4.430.2926680.187713389.51
4.43-5.580.2589810.205513719.74
5.58-500.2491850.1994141310.04
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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