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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oy7 | ||||||
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タイトル | Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP) | ||||||
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![]() | APOPTOSIS/peptide / zinc binding / peptide complex / apoptosis inhibition / APOPTOSIS-peptide complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / centrosome / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / Golgi apparatus / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP) 著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Mausisa, G. / Okawa, D.C. / Ong, D. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J. #1: ![]() タイトル: ML-IAP, a novel inhibitor of apoptosis that is preferentially expressed in human melanomas 著者: Vucic, D. / Stennicke, H.R. / Pisabarro, M.T. / Salvesen, G.S. / Dixit, V.M. #2: ![]() タイトル: SMAC negatively regulates the anti-apoptotic activity of melanoma inhibitor of apoptosis (ML-IAP) 著者: Vucic, D. / Deshayes, K. / Ackerly, H. / Pisabarro, M.T. / Kadkhodayan, S. / Fairbrother, W.J. / Dixit, V.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Each of the five BIR domains in the asymmetric unit represents the biologically active monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15749.411 Da / 分子数: 5 / 断片: BIR domain, residues 63-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 932.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-P33 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium acetate, PEG 300, DTT , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月2日 / 詳細: double crystal Si 111 monochromator |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 20337 / Num. obs: 20139 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 53.112 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2035 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.137 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OXN 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.017 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.737 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: refinement involved replacing the peptide in 1OXN and adjusting side chains and waters
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.175 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 32692 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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