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- PDB-1oxz: Crystal Structure of the Human GGA1 GAT domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oxz
タイトルCrystal Structure of the Human GGA1 GAT domain
要素ADP-ribosylation factor binding protein GGA1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GGA1 / GAT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to ciliary membrane / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cell surface / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network ...protein localization to ciliary membrane / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cell surface / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network / protein catabolic process / small GTPase binding / positive regulation of protein catabolic process / protein localization / early endosome membrane / endosome membrane / early endosome / Amyloid fiber formation / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #160 / ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #160 / ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / ENTH/VHS / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, G. / Zhai, P. / He, X. / Terzyan, S. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Tang, J. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2003
タイトル: Crystal Structure of Human GGA1 GAT Domain
著者: Zhu, G. / Zhai, P. / He, X. / Terzyan, S. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Tang, J. / Zhang, X.C.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor binding protein GGA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7021
ポリマ-20,7021
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.400, 83.400, 68.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor binding protein GGA1 / Golgi-localized / gamma ear-containing / ARF-binding protein 1 / Gamma-adaptin related protein 1


分子量: 20702.447 Da / 分子数: 1 / 断片: GAT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GGA1 / プラスミド: pGEX2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UJY5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: lithium sulfate, MES, ethylene glycol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1250 mM1dropNaCl
210 mMTris-HCl1droppH8.0
30.1 %(v/v)beta-mercaptoethanol1drop
45 mg/mlprotein1drop
50.4 M1reservoirLi2SO4
60.1 MMES1reservoirpH5.5
720 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
80.1 %(v/v)beta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月2日
放射モノクロメーター: OSMIC OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 6561 / Num. obs: 6418 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 42.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 676 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 6561 / % possible obs: 96.1 % / Num. measured all: 56805
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 676

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→41.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 699 10.9 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.245 6561 --
obs0.241 6413 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.2747 Å2 / ksol: 0.295817 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 93.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.6 Å235.57 Å20 Å2
2--11.6 Å20 Å2
3----23.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 0 0 0 1051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it14.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.069 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.55 64 10.1 %
Rwork0.454 568 -
obs-632 93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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