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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oxy | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF OXYGENATED AND DEOXYGENATED STATES OF ARTHROPOD HEMOCYANIN SHOWS UNUSUAL DIFFERENCES | ||||||
要素 | HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II) | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEMOCYANIN / COPPER PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride ion binding / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Limulus polyphemus (カブトガニ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ton-that, H. / Magnus, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1994 タイトル: Crystallographic analysis of oxygenated and deoxygenated states of arthropod hemocyanin shows unusual differences. 著者: Magnus, K.A. / Hazes, B. / Ton-That, H. / Bonaventura, C. / Bonaventura, J. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: Hexamers of Subunit II from Limulus Hemocyanin (A 48mer) Have the Same Quaternary Structure as Whole Panulirus Hemocyanin Molecules 著者: Magnus, K.A. / Lattman, E.E. / Volbeda, A. / Hol, W.G.L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977 タイトル: Crystals of a Functional 70,000 Molecular Weight Subunit of Hemocyanin from Limulus Polyphemus 著者: Magnus, K.A. / Love, W.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oxy.cif.gz | 137.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oxy.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oxy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oxy_validation.pdf.gz | 377.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oxy_full_validation.pdf.gz | 392 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oxy_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oxy_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: PHE 388 - PRO 389 OMEGA = 218.97 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO 599 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72657.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 参照: UniProt: P04253 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OXY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 32972 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
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拘束条件 |
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