PDB-1oxv: Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oxv

タイトル

Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus

要素

ABC transporter, ATP binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC-ATPase / ATP-binding cassette / ATPase / GlcV / Sulfolobus solfataricus

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type ferric iron transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Verdon, G. / Albers, S.V. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of the ATPase subunit of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus: nucleotide-free and nucleotide-bound conformations
著者: Verdon, G. / Albers, S.V. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.

履歴

登録	2003年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1oxv.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1oxv_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1oxv_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	1oxv_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	1oxv_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1oxsC 1oxtC 1oxuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oxx-d 1oxu-3 1oxu-1 1oxu-2 1oxt-2 1oxt-1 1v43-d 1vci-d 5dmd-d 4arp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter, ATP binding protein

B: ABC transporter, ATP binding protein

D: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

124 kDa, 3 ポリマー
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1

A: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
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3

D: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.094, 148.776, 176.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC transporter, ATP binding protein / GlcV / glucose 分子量: 39167.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: glcV / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q97UY8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, PEG 400, Tris, NaI, glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	4.25 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	MES	1	drop	pH6.5
3	150 mM		1	drop		NaCl
4	5 %(v/v)	glycerol	1	drop
5	5 mM		1	drop		MgCl2
6	15 %(w/v)	PEG3350	1	reservoir
7	15 %(w/v)	PEG400	1	reservoir
8	0.1 M	Tris	1	reservoir	pH8.3
9	0.5 M		1	reservoir		NaI
10	15 %	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月5日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45 Å / Num. all: 94192 / Num. obs: 94192 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.35 / % possible all: 95.5
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.078
反射シェル	PLUS % possible obs: 95.5 % / R_merge(I) obs*: 0.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.082 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23976	4465	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18811	-	-	-
obs	0.19075	83301	100 %	-
all	-	83301	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7932	0	134	853	8919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	8265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.992	11194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.275	3	18636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.437	3	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.507	15	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9041
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.337	0.3	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.3	8114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	1.075	0.5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.284	0.5	791
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.33	0.5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.033	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.374	0.3	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.3	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.323	0.5	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.712	1.5	5221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.609	2	8440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.082	3	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.156	4.5	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.276	346
R_work	0.218	5995

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7397	0.0807	-0.5295	1.148	-0.5353	2.4107	0.0023	-0.0221	-0.0146	0.0715	-0.0383	-0.0514	-0.0437	0.0427	0.0361	0.0337	-0.0137	-0.0066	0.0487	-0.013	0.007	14.664	65.611	75.583
2	0.8874	0.7758	1.2614	5.1186	0.5439	2.5855	-0.0154	0.0947	-0.1473	-0.2277	0.079	-0.0469	0.0927	0.2832	-0.0635	0.0858	0.0324	0.0105	0.046	-0.0545	0.169	7.14	40.804	81.023
3	1.0233	-0.2933	0.1974	3.9667	-2.8943	1.5944	-0.0596	0.2636	-0.1084	-0.6252	0.2435	0.4024	0.4119	-0.1916	-0.184	0.1672	-0.052	-0.0451	0.106	-0.0276	0.0799	-0.152	59.154	71.029
4	4.341	-0.1344	2.5327	2.3103	-0.0106	3.7848	-0.1884	0.5703	0.2529	-0.215	0.0882	-0.0636	-0.3159	0.2759	0.1002	0.1289	-0.0417	-0.0022	0.1394	0.0715	0.0956	-13.671	75.036	50.306
5	2.894	-0.0457	-0.7297	1.5601	-0.2204	2.9389	-0.0151	0.11	-0.0061	0.0378	-0.0822	-0.0885	-0.0809	-0.0144	0.0972	0.1469	-0.032	-0.013	0.0818	-0.0121	0.0538	15.941	114.991	73.876
6	6.2434	0.9158	2.9248	4.4715	0.1322	3.5566	-0.0508	0.6142	-0.8679	-0.2915	0.2923	-0.0691	-0.0462	0.3947	-0.2415	0.1147	0.0035	0.0233	0.0809	-0.1128	0.3015	6.98	91.032	80.722
7	1.2922	-0.5928	0.7623	2.8934	-2.7013	2.1331	-0.0743	0.1721	-0.1601	-0.5506	0.163	0.3391	0.3014	-0.3779	-0.0887	0.2909	-0.0419	-0.0411	0.2049	-0.0715	0.1303	0.457	109.232	70.006
8	5.1811	0.3535	2.8372	2.59	0.2751	3.9892	-0.326	0.459	0.395	-0.1686	0.1432	-0.0409	-0.5588	0.2591	0.1828	0.2867	-0.0499	-0.0648	0.1124	0.0572	0.1493	-12.915	124.353	48.667
9	1.7896	0.1645	-0.4162	1.1217	-0.5407	1.7478	0.0354	-0.0678	0.0241	0.0528	-0.0718	-0.0554	-0.0364	0.12	0.0364	0.0482	-0.0217	0.0032	0.0433	-0.0078	0.0176	14.671	14.999	75.972
10	1.2976	0.5202	0.088	5.2742	0.1587	1.3891	-0.1055	0.0301	-0.1451	-0.2781	0.0182	0.0417	0.0034	0.1056	0.0872	0.1116	0.0065	0.0167	0.0375	-0.0374	0.1686	6.909	-9.797	81.296
11	0.7707	-0.4098	0.2236	3.1659	-2.2972	1.3943	-0.0475	0.1924	-0.0794	-0.4923	0.1645	0.3317	0.3149	-0.172	-0.1169	0.1459	-0.0426	-0.0228	0.0692	-0.0172	0.0615	-0.107	8.738	71.474
12	3.7994	-0.3291	2.086	2.4158	-0.0583	3.4966	-0.1991	0.4876	0.2592	-0.1903	0.0492	-0.0497	-0.3894	0.2394	0.15	0.1617	-0.0311	-0.0187	0.1118	0.0682	0.0793	-13.8	25.206	50.85

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 88	1 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	89 - 160	89 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	161 - 225	161 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	226 - 353	226 - 353
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 88	1 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	89 - 160	89 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	161 - 225	161 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	226 - 353	226 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	C	1 - 88	1 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	C	89 - 160	89 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	C	161 - 225	161 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	C	226 - 353	226 - 353

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.24 / R_factor R_work: 0.188

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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