PDB-1oxt: Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oxt

タイトル

Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus

要素

ABC transporter, ATP binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC-ATPase / ATP-binding cassette / ATPase / GlcV / Sulfolobus solfataricus

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type ferric iron transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Verdon, G. / Albers, S.V. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of the ATPase subunit of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus: nucleotide-free and nucleotide-bound conformations
著者: Verdon, G. / Albers, S.V. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.

履歴

登録	2003年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oxt.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oxt.ent.gz	180.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oxsC 1oxuC 1oxvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oxu-1 1oxu-3 1oxv-2 1oxv-3 1oxv-1 1oxu-2 1oxx-d 1v43-d 5dmd-d 1oxs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter, ATP binding protein

B: ABC transporter, ATP binding protein

D: ABC transporter, ATP binding protein

118 kDa, 3 ポリマー
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1

A: ABC transporter, ATP binding protein

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter, ATP binding protein

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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3

D: ABC transporter, ATP binding protein

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.032, 146.641, 178.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC transporter, ATP binding protein / GlcV / glucose 分子量: 39167.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: glcV / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q97UY8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, PEG 400, Tris, NaCl, glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	4.25 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	MES	1	drop	pH6.5
3	150 mM		1	drop		NaCl
4	5 %(v/v)	glycerol	1	drop
5	5 mM		1	drop		MgCl2
6	15 %(w/v)	PEG3350	1	reservoir
7	15 %(w/v)	PEG400	1	reservoir
8	0.1 M	Tris	1	reservoir	pH8.3
9	0.5 M		1	reservoir		NaI
10	15 %	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45 Å / Num. all: 69924 / Num. obs: 69924 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.336 / % possible all: 71
反射	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 69924 / R_merge(I) obs*: 0.057
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 71 % / R_merge(I) obs*: 0.336

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→45.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 5.522 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27467	3570	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21435	-	-	-
obs	0.21742	66288	100 %	-
all	-	66288	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.107 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.09 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8025	0	0	641	8666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.122	1.976	11072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.25	3	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.375	15	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.267	0.3	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.392	0.3	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	1.106	0.5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.364	1.5	5216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.887	2	8422
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.17	3	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.165	4.5	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.174 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.311	262
R_work	0.242	4934

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3947	0.063	0.0014	1.2549	-0.1978	2.8465	-0.053	-0.0785	0.1045	-0.0583	-0.0164	-0.0273	0.1022	0.1907	0.0693	0.1303	0.0383	0.0189	0.0576	0.0478	0.0737	15.824	9.081	14.509
2	2.4339	-0.1152	-0.7001	2.9553	0.1545	2.4686	-0.0529	-0.0936	0.0201	0.1424	-0.0324	-0.0649	0.0207	0.0599	0.0853	0.0569	-0.0048	-0.0226	0.004	0.0163	0.0663	6.66	33.174	7.333
3	0.984	0.1496	-0.6884	3.439	-2.643	2.2583	-0.0411	-0.2516	0.1804	0.4035	0.0699	0.1803	-0.2586	-0.0829	-0.0289	0.1868	0.002	0.0303	0.1074	-0.0021	0.1041	0.691	14.654	18.578
4	5.9498	-0.1801	-2.418	1.8641	0.0209	3.5143	-0.2241	-0.7054	-0.44	0.1673	0.0798	0.0234	0.3128	0.2008	0.1444	0.2194	0.0257	0.0362	0.1546	0.113	0.1391	-12.876	-0.589	39.766
5	2.1898	0.0769	-0.0057	0.7872	-0.1537	2.6488	-0.0651	-0.0449	0.1745	-0.0093	-0.0185	-0.0393	0.0414	0.1054	0.0836	0.1433	0.0172	0.003	0.0397	0.0145	0.0559	15.847	57.012	14.412
6	2.6061	-0.2557	-1.5104	3.6962	-0.5398	3.0052	0.0993	0.118	0.3997	0.1299	-0.0413	-0.0657	-0.1303	0.0859	-0.058	0.17	-0.0061	-0.0045	0.0808	0.046	0.2504	6.582	81.505	6.523
7	1.7169	0.1201	-0.9191	3.0336	-2.3429	2.8317	-0.0248	-0.131	0.3012	0.4294	0.0645	0.1824	-0.3525	-0.1377	-0.0396	0.1945	0.0057	0.0198	0.0968	-0.0088	0.0938	0.735	62.682	18.431
8	6.7952	-0.5436	-2.7907	1.9796	0.6128	3.5114	-0.2679	-0.7954	-0.4541	0.1679	0.0946	0.1207	0.3967	0.1642	0.1733	0.2283	0.0078	0.0481	0.1726	0.074	0.1072	-12.753	48.082	39.844
9	2.5616	-0.2753	-0.1453	2.0935	-0.2063	3.8104	0.1624	-0.0993	-0.2043	0.064	-0.2012	0.1048	0.3242	0.4064	0.0388	0.4013	-0.0134	0.05	0.201	0.0042	0.2568	14.482	106.656	12.58
10	2.7904	-0.0379	-0.7888	3.2646	0.6212	2.8366	-0.1551	0.1658	0.0663	0.0809	0.0384	0.0138	0.1242	-0.004	0.1167	0.1729	-0.0253	-0.037	0.0768	0.0399	0.1708	6.498	132.198	6.476
11	2.8793	0.4662	-1.2579	5.242	-3.3807	2.4827	-0.0888	-0.1689	-0.0838	0.6654	0.0185	0.5571	-0.1707	0.0167	0.0703	0.4594	-0.0676	0.1626	0.1886	-0.0887	0.3089	-0.23	113.144	17.422
12	3.3784	1.0402	-2.864	3.3746	-1.3269	4.5254	-0.2377	-0.179	-0.2801	-0.0765	0.0749	-0.2153	0.4138	-0.0979	0.1628	0.3997	-0.0836	0.0875	0.2279	0.0032	0.3569	-14.059	97.017	37.504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 88	1 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	89 - 160	89 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	161 - 225	161 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	226 - 352	226 - 352
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 88	1 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	93 - 160	93 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	161 - 225	161 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	226 - 352	226 - 352
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	C	1 - 88	1 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	C	93 - 160	93 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	C	161 - 225	161 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	C	226 - 352	226 - 352

精密化

*PLUS

最低解像度: 45 Å / R_factor R_free: 0.275 / R_factor R_work: 0.215

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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