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- PDB-1oxq: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oxq
タイトルStructure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP)
要素
  • AVPIAQKSE (Smac) peptide
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
キーワードAPOPTOSIS/peptide / zinc binding / peptide complex / apoptosis inhibition / APOPTOSIS-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell apoptotic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / lens development in camera-type eye ...regulation of natural killer cell apoptotic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / lens development in camera-type eye / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / ubiquitin-protein transferase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / Golgi apparatus / enzyme binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 / Diablo IAP-binding mitochondrial protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP)
著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Mausisa, G. / Okawa, D.C. / Ong, D. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J.
#1: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2000
タイトル: ML-IAP, a novel inhibitor of apoptosis that is preferentially expressed in human melanomas
著者: Vucic, D. / Stennicke, H.R. / Pisabarro, M.T. / Salvesen, G.S. / Dixit, V.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: SMAC negatively regulates the anti-apoptotic activity of melanoma inhibitor of apoptosis (ML-IAP)
著者: Vucic, D. / Deshayes, K. / Ackerly, H. / Pisabarro, M.T. / Kadkhodayan, S. / Fairbrother, W.J. / Dixit, V.M.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
F: AVPIAQKSE (Smac) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,34412
ポリマ－79,6906
非ポリマー6536
水7,260403
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8152
ポリマ－15,7491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8152
ポリマ－15,7491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8152
ポリマ－15,7491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1413
ポリマ－15,7491
非ポリマー3922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
F: AVPIAQKSE (Smac) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7583
ポリマ－16,6922
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5760 Å2
手法PISA
6
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
F: AVPIAQKSE (Smac) peptide
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,34412
ポリマ－79,6906
非ポリマー6536
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
7
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子

E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
F: AVPIAQKSE (Smac) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7148
ポリマ－48,1914
非ポリマー5234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
Buried area4320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
8
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6304
ポリマ－31,4992
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
9
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子

E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
F: AVPIAQKSE (Smac) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8996
ポリマ－32,4423
非ポリマー4573
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
Buried area1960 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
10
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9565
ポリマ－31,4992
非ポリマー4573
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
11
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8152
ポリマ－15,7491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
F: AVPIAQKSE (Smac) peptide


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 943 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9431
ポリマ－9431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.189, 83.189, 93.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細Each of the five BIR domains in the asymmetric unit represents the biologically active monomer

-
要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 / Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML-IAP / Livin


分子量: 15749.411 Da / 分子数: 5 / 断片: BIR domain, residues 63-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC7 OR KIAP OR MLIAP OR LIVIN / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5
#2: タンパク質・ペプチド AVPIAQKSE (Smac) peptide


分子量: 943.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: UniProt: Q9NR28*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium acetate, PEG 300, DTT, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMMES1droppH6.5
220 mg/mlprotein1drop
350 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
45 %(v/v)PEG3001reservoir
55 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1.2686 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月13日
放射モノクロメーター: unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 64496 / Num. obs: 62709 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.211 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 6453 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1OXN

1oxn


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.872 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Refinement involved replacing the peptide in 1OXN and adjusting side chains and waters. The discrepancies between observed reflections and reflections used for refinement is due to merging of ...詳細: Refinement involved replacing the peptide in 1OXN and adjusting side chains and waters. The discrepancies between observed reflections and reflections used for refinement is due to merging of Bijvoet mates during refinement. Since the dataset was collected at the zinc anomalous edge, the Bijvoet mates are not identical and represent crystallographically unique reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21827 1528 4.9 %copied from test set for 1OXN
Rwork0.16064 ---
all0.1634 30570 --
obs0.16345 29677 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.259 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3979 0 27 403 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0731.9185624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9765493
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1932.52481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.34753942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9942.51673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.08251682
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.273 117
Rwork0.221 2169
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 59357 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.07

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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