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- PDB-1oxh: The crystal structure of beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oxh
タイトルThe crystal structure of beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase II from Streptococcus Pneumoniae, Triclinic form
要素Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Price, A.C. / Rock, C.O. / White, S.W.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: The 1.3-Angstrom-Resolution Crystal Structure of beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase II from Streptococcus pneumoniae.
著者: Price, A.C. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2003年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN WATERS 102-140 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. WATERS 202-240 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. ...HETEROGEN WATERS 102-140 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. WATERS 202-240 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. WATERS 302-340 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN C. WATERS 402-440 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN D.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
B: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
C: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
D: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,1718
ポリマ－184,0744
非ポリマー974
水3,891216
1
A: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
B: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0864
ポリマ－92,0372
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area26050 Å2
手法PISA
2
C: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
D: Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0864
ポリマ－92,0372
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.520, 71.646, 96.100
Angle α, β, γ (deg.)89.83, 83.09, 69.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51I
61J
71K
81L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A3
2111B3
3111C3
4111D3
1211A5 - 10
2211B5 - 10
3211C5 - 10
4211D5 - 10
1311A12
2311B12
3311C12
4311D12
1411A16 - 19
2411B16 - 19
3411C16 - 19
4411D16 - 19
1511A27
2511B27
3511C27
4511D27
1611A34 - 54
2611B34 - 54
3611C34 - 54
4611D34 - 54
1711A57 - 63
2711B57 - 63
3711C57 - 63
4711D57 - 63
1811A72 - 89
2811B72 - 89
3811C72 - 89
4811D72 - 89
1911A91
2911B91
3911C91
4911D91
11011A93 - 97
21011B93 - 97
31011C93 - 97
41011D93 - 97
11111A99 - 107
21111B99 - 107
31111C99 - 107
41111D99 - 107
11211A112 - 120
21211B112 - 120
31211C112 - 120
41211D112 - 120
11311A130
21311B130
31311C130
41311D130
11411A132
21411B132
31411C132
41411D132
11511A134 - 189
21511B134 - 189
31511C134 - 189
41511D134 - 189
11611A191 - 205
21611B191 - 205
31611C191 - 205
41611D191 - 205
11711A209 - 210
21711B209 - 210
31711C209 - 210
41711D209 - 210
11811A212
21811B212
31811C212
41811D212
11911A214
21911B214
31911C214
41911D214
12011A217 - 223
22011B217 - 223
32011C217 - 223
42011D217 - 223
12111A225 - 233
22111B225 - 233
32111C225 - 233
42111D225 - 233
12211A237 - 243
22211B237 - 243
32211C237 - 243
42211D237 - 243
12311A245
22311B245
32311C245
42311D245
12411A253 - 266
22411B253 - 266
32411C253 - 266
42411D253 - 266
12511A278 - 300
22511B278 - 300
32511C278 - 300
42511D278 - 300
12611A304 - 307
22611B304 - 307
32611C304 - 307
42611D304 - 307
12711A310 - 311
22711B310 - 311
32711C310 - 311
42711D310 - 311
12811A313 - 319
22811B313 - 319
32811C313 - 319
42811D313 - 319
12911A323 - 324
22911B323 - 324
32911C323 - 324
42911D323 - 324
13011A326 - 336
23011B326 - 336
33011C326 - 336
43011D326 - 336
13111A340
23111B340
33111C340
43111D340
13211A342 - 344
23211B342 - 344
33211C342 - 344
43211D342 - 344
13311A346 - 354
23311B346 - 354
33311C346 - 354
43311D346 - 354
13411A359 - 360
23411B359 - 360
33411C359 - 360
43411D359 - 360
13511A362 - 368
23511B362 - 368
33511C362 - 368
43511D362 - 368
13611A372 - 374
23611B372 - 374
33611C372 - 374
43611D372 - 374
13711A384
23711B384
33711C384
43711D384
13811A386 - 393
23811B386 - 393
33811C386 - 393
43811D386 - 393
13911A398 - 407
23911B398 - 407
33911C398 - 407
43911D398 - 407
54011I902 - 929
64011J912 - 940
74011K904 - 930
84011L915 - 942
詳細The homodimer is the biological unit. The ASU contains two complete homodimers.

-
要素

#1: タンパク質
Beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase / BETA KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE II


分子量: 46018.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: RN4220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9FBC2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: PEG 3350, magnesium acetate, Tris HCl, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 392K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
21 mMEDTA1reservoir
31 mMdithiothreitol1reservoir
420 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→95 Å / Num. all: 75943 / Num. obs: 75943 / % possible obs: 71.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.08→2.18 Å / % possible all: 58.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 90012 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.1 % / Num. measured all: 937038 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 58.6 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.112 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23488 2051 2.6 %RANDOM
Rwork0.20816 ---
all0.2088 75943 --
obs0.2088 75943 86.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.49 Å2-0.42 Å2-0.04 Å2
2---1.7 Å2-0.52 Å2
3----4.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12260 0 4 216 12480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02112512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.94216956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99326072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68251628
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.022492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.212652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.26568
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3030.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7881.58056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.469212892
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97634456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3814.54064
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4126tight positional0.050.05
2B4126tight positional0.050.05
3C4126tight positional0.050.05
4D4126tight positional0.050.05
5A37tight positional0.110.05
6B37tight positional0.120.05
7C37tight positional0.120.05
8D37tight positional0.120.05
1A4126tight thermal0.170.5
2B4126tight thermal0.180.5
3C4126tight thermal0.140.5
4D4126tight thermal0.130.5
5A37tight thermal0.290.5
6B37tight thermal0.290.5
7C37tight thermal0.430.5
8D37tight thermal0.340.5
LS精密化 シェル解像度: 2.087→2.141 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.401 105
Rwork0.331 3453
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 67647 / Num. reflection Rfree: 2083 / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.62

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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