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万見
- PDB-2rjt: Crystal Structure Analysis of a Surface Entropy Reduction Mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rjt
タイトルCrystal Structure Analysis of a Surface Entropy Reduction Mutant of S. pneumoniae FabF
要素Beta-ketoacyl-ACP synthase II
キーワードTRANSFERASE / KASII / beta-ketoacyl acyl carrier protein synthase / thiolase / FabF / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Soisson, S.M. / Parthasarathy, G. / Becker, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Surface-entropy reduction approaches to manipulate crystal forms of beta-ketoacyl acyl carrier protein synthase II from Streptococcus pneumoniae.
著者: Parthasarathy, G. / Cummings, R. / Becker, J.W. / Soisson, S.M.
履歴
登録2007年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoacyl-ACP synthase II
D: Beta-ketoacyl-ACP synthase II
C: Beta-ketoacyl-ACP synthase II
B: Beta-ketoacyl-ACP synthase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,8284
ポリマ－181,8284
非ポリマー00
水32,2651791
1
A: Beta-ketoacyl-ACP synthase II
B: Beta-ketoacyl-ACP synthase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9142
ポリマ－90,9142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
手法PISA
2
D: Beta-ketoacyl-ACP synthase II
C: Beta-ketoacyl-ACP synthase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9142
ポリマ－90,9142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.417, 115.872, 278.923
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Beta-ketoacyl-ACP synthase II / 3-oxoacyl-Acyl-carrier-protein / synthase II


分子量: 45457.074 Da / 分子数: 4 / 断片: spFabF(1-412) / 変異: E22A, E94A, E325A, E383A,E409A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: fabF / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9FBC2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5-12% PEG3350, 0.1M MES, 1% benzamidine-HCl, 10% ethylene glycol, 1mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月14日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 180912 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.813.20.475175740.679197.9
1.81-1.893.30.344178840.726199.2
1.89-1.973.50.295180071.02199.8
1.97-2.073.90.175180430.9131100
2.07-2.24.50.122180440.9931100
2.2-2.384.70.106181201.261100
2.38-2.6150.068181251.0641100
2.61-2.995.50.054181821.1541100
2.99-3.776.90.05182871.0941100
3.77-507.10.049186461.169199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT2.1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→45.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 9058 5.01 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 180813 99.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.477 Å20 Å20 Å2
2---2.642 Å20 Å2
3----2.835 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12162 0 0 1791 13953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011124692
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.332168532
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.28622150
X-RAY DIFFRACTIONIMPROPER ANGLES (DEGREES)
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0042888
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01518748
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.5931246920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.1082055
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1437 5.1 %
Rwork0.22 26720 -
all0.222 28157 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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