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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oxd | ||||||
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タイトル | Expansion of the Genetic Code Enables Design of a Novel "Gold" Class of Green Fluorescent Proteins | ||||||
要素 | cyan fluorescent protein cfp | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / chromophore / amino acid incorporation / tryptophan / genetic code | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | cfp marker plasmid pWM1009 (その他) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Hyun Bae, J. / Rubini, M. / Jung, G. / Wiegand, G. / Seifert, M.H. / Azim, M.K. / Kim, J.S. / Zumbusch, A. / Holak, T.A. / Moroder, L. ...Hyun Bae, J. / Rubini, M. / Jung, G. / Wiegand, G. / Seifert, M.H. / Azim, M.K. / Kim, J.S. / Zumbusch, A. / Holak, T.A. / Moroder, L. / Huber, R. / Budisa, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Expansion of the Genetic Code Enables Design of a Novel "Gold" Class of Green Fluorescent Proteins 著者: Hyun Bae, J. / Rubini, M. / Jung, G. / Wiegand, G. / Seifert, M.H. / Azim, M.K. / Kim, J.S. / Zumbusch, A. / Holak, T.A. / Moroder, L. / Huber, R. / Budisa, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oxd.cif.gz | 56.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oxd.ent.gz | 43.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oxd_validation.pdf.gz | 363.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oxd_full_validation.pdf.gz | 366 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oxd_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oxd_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25798.102 Da / 分子数: 1 / 変異: Q80R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) cfp marker plasmid pWM1009 (その他) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 11321072 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUES 65THR, 66TRP AND 67GLY ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHOR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 1000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月11日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→7.98 Å / Num. all: 79530 / Num. obs: 73514 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 11 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.22 Å / % possible all: 75.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.17 Å / % possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.247 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→7.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.4172 Å2 / ksol: 0.613 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→7.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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