ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1aa0.pdb 解像度: 2→24.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 1797080.95 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.221 | 1268 | 10.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.209 | - | - | - |
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all | 0.216 | 12329 | - | - |
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obs | 0.209 | 12329 | 99.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.6807 Å2 / ksol: 0.315274 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.86 Å2 | 1.83 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.86 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.72 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.1 Å | 0.06 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.36 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 833 | 0 | 0 | 74 | 907 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.9 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.92 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.43 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.11 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.37 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.42 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 7
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.242 | 182 | 10.3 % |
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Rwork | 0.223 | 1581 | - |
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obs | - | - | 99.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | | | |
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