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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ovp | ||||||
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タイトル | LecB (PA-LII) in complex with fructose | ||||||
要素 | hypothetical protein LecB | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / carbohydrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Loris, R. / Tielker, D. / Jaeger, K.-E. / Wyns, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Structural Basis of Carbohydrate Recognition by the Lectin LecB from Pseudomonas aeruginosa 著者: Loris, R. / Tielker, D. / Jaeger, K.-E. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ovp.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ovp.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ovp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: LecB / プラスミド: pET22a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5 | ||
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#2: 糖 | ChemComp-BDF / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG8000, ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→15 Å / Num. all: 26791 / Num. obs: 26791 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.087 / Num. unique all: 2657 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 155542 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.197 / Rfactor Rwork: 0.189 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |