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万見
- PDB-1ova: CRYSTAL STRUCTURE OF UNCLEAVED OVALBUMIN AT 1.95 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ova
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF UNCLEAVED OVALBUMIN AT 1.95 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(OVALBUMIN) x 3
キーワードSERPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / embryo development ending in birth or egg hatching / response to steroid hormone / response to corticosterone / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle / early endosome lumen ...intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / embryo development ending in birth or egg hatching / response to steroid hormone / response to corticosterone / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle / early endosome lumen / response to progesterone / Neutrophil degranulation / response to estrogen / protease binding / vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stein, P.E. / Leslie, A.G.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of uncleaved ovalbumin at 1.95 A resolution.
著者: Stein, P.E. / Leslie, A.G. / Finch, J.T. / Carrell, R.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Ovalbumin as a Model for the Reactive Centre of Serpins
著者: Stein, P.E. / Leslie, A.G.W. / Finch, J.T. / Turnell, W.G. / Mclaughlin, P.J. / Carrell, R.W.
履歴
登録1990年11月26日処理サイト: BNL
改定 1.01992年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OVALBUMIN
B: OVALBUMIN
C: OVALBUMIN
D: OVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,4379
ポリマ－171,5124
非ポリマー9255
水12,214678
1
A: OVALBUMIN
B: OVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3585
ポリマ－85,8762
非ポリマー4823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: OVALBUMIN
D: OVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0784
ポリマ－85,6362
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.900, 84.700, 71.500
Angle α, β, γ (deg.)87.50, 104.00, 108.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUES SER A 87C, SER A 350 AND SER B 350 ARE PHOSHORYLATED.
2: THERE IS A GLYCOSIDIC BOND BETWEEN ND2 OF ASN 298 AND C1 OF NAG OF EACH CHAIN.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.74109, -0.67004, 0.04278), (-0.67054, 0.7354, -0.0978), (0.03407, -0.10116, -0.99429)35.49, 18.48, 80.6
2given(0.99403, -0.06828, -0.08507), (0.07993, 0.98662, 0.14209), (0.07423, -0.14804, 0.98619)23.07, -42.91, 9.15
3given(-0.81974, -0.57173, 0.03395), (-0.57273, 0.818, -0.0534), (0.00276, -0.06322, -0.998)43.03, -26.65, 84.39
4given(-0.78775, -0.61599, 0.00134), (-0.61475, 0.7863, 0.06169), (-0.03906, 0.04777, -0.99809)47.94, -29.6, 76.52
5given(0.99165, -0.12686, -0.02319), (0.1277, 0.99103, 0.03933), (0.0181, -0.04196, 0.99896)24.79, -38.65, 0.99
6given(-0.86039, -0.50766, -0.04482), (-0.50956, 0.85541, 0.09287), (-0.00881, 0.10274, -0.99467)26.75, 3.54, 74.8
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *C*. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX 4* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *C*. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX 5* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN THE *MTRIX 6* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *C* WHEN APPLIED TO CHAIN *D*.

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 OVALBUMIN


分子量: 42977.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P01012
#2: タンパク質 OVALBUMIN


分子量: 42897.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P01012
#3: タンパク質 OVALBUMIN


分子量: 42817.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P01012

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糖 , 1種, 4分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 679分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / pH: 6.4 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein11
250 %satammonium sulfate11
350 mMcacodylate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2.7 Å / Num. obs: 94362 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 352293 / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 1.95 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11534 0 57 678 12269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it8.32
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it13.23
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it16.34
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.160.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.170.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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