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- PDB-1ov8: Auracyanin B structure in space group, P65 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ov8
タイトルAuracyanin B structure in space group, P65
要素Auracyanin B
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic electron transport chain / electron transfer activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...: / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Auracyanin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lee, M. / Maher, M.J. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Auracyanin B structure in space group P6(5).
著者: Lee, M. / Maher, M.J. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2003年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auracyanin B
B: Auracyanin B
C: Auracyanin B
D: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,44915
ポリマ－57,6444
非ポリマー80511
水10,070559
1
A: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6064
ポリマ－14,4111
非ポリマー1953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6674
ポリマ－14,4111
非ポリマー2563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6064
ポリマ－14,4111
非ポリマー1953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5713
ポリマ－14,4111
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
C: Auracyanin B
D: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1777
ポリマ－28,8222
非ポリマー3555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA
6
A: Auracyanin B
B: Auracyanin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2738
ポリマ－28,8222
非ポリマー4516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.885, 115.885, 108.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Auracyanin B / Ac-B


分子量: 14410.964 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal soluble domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Thermophilic green photosynthetic bacterium / 由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27197
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.25 M Lithium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
19 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
32.25 M1reservoirLi2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 64839 / Num. obs: 64839 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
Num. obs: 63349 / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 458718
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QHQ

1qhq


解像度: 1.9→26.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.369 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21916 3227 5.1 %RANDOM
Rwork0.19189 ---
obs0.19327 60113 97.74 %-
all-64834 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 31 559 4630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6511.9355758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1373552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.81115612
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.32047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.5642
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.377
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.558
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3661.52780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82524480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3631388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5664.51278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 235
Rwork0.275 4332
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0998-2.8322-0.05366.97610.29641.80590.55010.60870.1886-0.6917-0.5284-0.3358-0.03510.1951-0.02160.23970.16790.02580.19130.08420.109313.953792.77140.0101
23.0529-1.6568-0.09052.84560.42512.9842-0.0868-0.02430.10490.04180.05670.0399-0.18050.08550.03010.13250.081-0.05840.06850.00720.12330.180465.59155.119
33.531-2.9972-0.19686.25920.0531.6672-0.267-0.19990.18371.0560.283-0.3083-0.14970.144-0.0160.3530.1011-0.07920.08740.01420.103529.400366.030759.6191
41.5836-0.7304-0.33864.3780.26622.86570.0207-0.0219-0.0852-0.0799-0.0581-0.06550.01140.21160.03730.15430.06490.02660.05060.04690.117713.966593.668154.5087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1402 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1402 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 1402 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 1402 - 140
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.58

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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