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- PDB-1ov4: Crystal structure of human DHEA-ST complexed with androsterone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ov4
タイトルCrystal structure of human DHEA-ST complexed with androsterone
要素Alcohol sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / thyroid hormone metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process ...bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / thyroid hormone metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / ethanol catabolic process / Paracetamol ADME / steroid metabolic process / lipid catabolic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / PPARA activates gene expression / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3Beta,5alpha)-3-Hydroxyandrostan-17-one / Sulfotransferase 2A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chang, H.J. / Shi, R. / Rhese, P. / Lin, S.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Identifying androsterone (ADT) as a cognate substrate for human dehydroepiandrosterone sulfotransferase (DHEA-ST) important for steroid homeostasis: structure of the enzyme-ADT complex.
著者: Chang, H.J. / Shi, R. / Rehse, P. / Lin, S.X.
履歴
登録2003年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年7月3日Group: Non-polymer description
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1033
ポリマ－34,7171
非ポリマー3872
水45025
1
A: Alcohol sulfotransferase
ヘテロ分子

A: Alcohol sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2066
ポリマ－69,4332
非ポリマー7734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.293, 129.818, 44.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Alcohol sulfotransferase / Hydroxysteroid Sulfotransferase / HST / Dehydroepiandrosterone sulfotransferase / DHEA-ST / ST2 / ST2A3


分子量: 34716.707 Da / 分子数: 1 / 変異: A242T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT2A1 OR STD OR HST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06520, alcohol sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AOX / (3Beta,5alpha)-3-Hydroxyandrostan-17-one / Epiandrosterone / エピアンドロステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
30.1 %n-octyl beta-D-glucopyranoside1drop
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MHEPES1reservoirpH7.5
60.1 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0721 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月27日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 11911 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.05 % / Rsym value: 0.075
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.95 % / Rsym value: 0.424 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 36310 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 1189 / Num. measured obs: 3571 / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTYR 1J99

1j99


解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 700 -RANDOM
Rwork0.23 ---
all-12482 --
obs-11485 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2137 0 26 25 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007297
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26605
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.459 52
Rwork0.369 -
obs-714
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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