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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ov4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human DHEA-ST complexed with androsterone | ||||||
要素 | Alcohol sulfotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / alpha/beta fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process ...bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process / ethanol catabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / Paracetamol ADME / steroid metabolic process / lipid catabolic process / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / PPARA activates gene expression / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, H.J. / Shi, R. / Rhese, P. / Lin, S.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Identifying androsterone (ADT) as a cognate substrate for human dehydroepiandrosterone sulfotransferase (DHEA-ST) important for steroid homeostasis: structure of the enzyme-ADT complex. 著者: Chang, H.J. / Shi, R. / Rehse, P. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ov4.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ov4.ent.gz | 49.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ov4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ov4_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ov4_full_validation.pdf.gz | 461.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ov4_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ov4_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ov4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ov4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1j99S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34716.707 Da / 分子数: 1 / 変異: A242T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT2A1 OR STD OR HST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06520, alcohol sulfotransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-AOX / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0721 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月27日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0721 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 11911 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.05 % / Rsym value: 0.075 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.95 % / Rsym value: 0.424 / % possible all: 96.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 36310 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 1189 / Num. measured obs: 3571 / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTYR 1J99 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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