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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1otj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of APO (iron-free) TauD | ||||||
要素 | Alpha-Ketoglutarate-Dependent Taurine Dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Jelly roll motif / alpha ketoglutarate-dependent dioxygenase / taurine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / Direct methods, 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | O'Brien, J.R. / Schuller, D.J. / Yang, V.S. / Dillard, B.D. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Substrate-induced conformational changes in Escherichia coli taurine/alpha-ketoglutarate dioxygenase and insight into the oligomeric structure 著者: O'Brien, J.R. / Schuller, D.J. / Yang, V.S. / Dillard, B.D. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1otj.cif.gz | 247.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1otj.ent.gz | 200.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1otj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/1otj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/1otj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Two biological dimers are found in the crystallographic tetramer. They are monomers A & E, and B & D. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32453.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37610, taurine dioxygenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: バッチ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, Isopropanol, Sodium citrate, pH 8.0, Batch, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月21日 / 詳細: Osmic Blue confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Confocal Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 105897 / Num. obs: 99459 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 600 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 78.9 % / Rmerge(I) obs: 0.334 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Direct methods, 多波長異常分散 解像度: 1.9→50 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 5034 / Rfactor Rfree: 0.254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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