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- PDB-1ot4: Solution structure of Cu(II)-CopC from Pseudomonas syringae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ot4
タイトルSolution structure of Cu(II)-CopC from Pseudomonas syringae
要素Copper resistance protein C
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper trafficking / paramagnetic proteins / type II copper(II) / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / response to copper ion / periplasmic space / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Copper transport protein C/D / CopC domain / CopC domain / Immunoglobulin-like - #1220 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper resistance protein C / Copper resistance protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics
データ登録者Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Felli, I.C. / Luchinat, C. / Thompsett, A.R. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: A Strategy for the NMR Characterization of Type II Copper(II) Proteins: the Case of the Copper Trafficking Protein CopC from Pseudomonas Syringae.
著者: Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Felli, I.C. / Luchinat, C. / Thompsett, A.R.
履歴
登録2003年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper resistance protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6112
ポリマ－10,5471
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 400target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Copper resistance protein C


分子量: 10547.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: COPC / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: P12376, UniProt: Q4ZWC7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
14113C-13C constant time-COSY
15113C -15N HSQC
161Saturation Recovery 1D 13C
NMR実験の詳細Text: Cu(II)-CopC was obtained by adding one equivalent of CuSO4 to apoCopC

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試料調製

詳細内容: 2.5 mM Cu(II)-CopC 15N,13C; 100mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM phosphate / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMR解析
XEASYEccles, Guentert, Billeter, Wuethrichデータ解析
DYANAGuentert, Mumenthaler, Wuethrich構造決定
CORMABorgias, Thomas, Jamesiterative matrix relaxation
DYANAGuentert, Mumenthaler, Wuethrich精密化
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 1276 meaningful NOEs, 123 dihedral angle restraints, 27 experimental hydrogen bonds, 23 metal-heteronucleus distances obtained from longitudinal 13C relaxation rates, 83 proton pseudocontact shifts
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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