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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1osb | ||||||
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タイトル | Conjugative Relaxase TrwC in complex with OriT Dna. Metal-free structure. | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Bacterial conjugation / Relaxase / DNA replication / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() G-quadruplex DNA unwinding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance / single-stranded DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Recognition and processing of the origin of transfer DNA by conjugative relaxase TrwC. 著者: Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M. #1: ![]() タイトル: Two active-site tyrosyl residues of protein TrwC act sequentially at the origin of transfer during plasmid R388 conjugation 著者: Grandoso, G. / Avila, P. / Cayon, A. / Hernando, M.A. / Llosa, M. / de la Cruz, F. #2: ![]() タイトル: Bacterial conjugation: a two-step mechanism for DNA transport. 著者: Llosa, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M. / de la Cruz, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7714.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA forming a cruciform arm #2: タンパク質 | 分子量: 32894.832 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal relaxase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% PEGMM 2000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296KK | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 28480 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.65 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1OMH 解像度: 2.65→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å /
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