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万見
- PDB-1osb: Conjugative Relaxase TrwC in complex with OriT Dna. Metal-free st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1osb
タイトルConjugative Relaxase TrwC in complex with OriT Dna. Metal-free structure.
要素
  • Dna oligonucleotide
  • TrwC protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / Bacterial conjugation / Relaxase / DNA replication / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


G-quadruplex DNA unwinding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance / single-stranded DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TrwC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Recognition and processing of the origin of transfer DNA by conjugative relaxase TrwC.
著者: Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Two active-site tyrosyl residues of protein TrwC act sequentially at the origin of transfer during plasmid R388 conjugation
著者: Grandoso, G. / Avila, P. / Cayon, A. / Hernando, M.A. / Llosa, M. / de la Cruz, F.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2002
タイトル: Bacterial conjugation: a two-step mechanism for DNA transport.
著者: Llosa, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M. / de la Cruz, F.
履歴
登録2003年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月28日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns ...refine / reflns / reflns_shell / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs ..._refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Dna oligonucleotide
D: Dna oligonucleotide
A: TrwC protein
C: TrwC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,08413
ポリマ－81,2204
非ポリマー8659
水4,630257
1
B: Dna oligonucleotide
A: TrwC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0907
ポリマ－40,6102
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Dna oligonucleotide
C: TrwC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9946
ポリマ－40,6102
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.780, 147.780, 78.680
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 Dna oligonucleotide


分子量: 7714.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA forming a cruciform arm
#2: タンパク質 TrwC protein


分子量: 32894.832 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal relaxase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47673
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEGMM 2000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296KK
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM ACETATE11
2AMMONIUM SULPHATE11
3SODIUM ACETATE12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
225 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月20日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 28480 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル最高解像度: 2.65 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1OMH

1omh


解像度: 2.65→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2414 621 2.2 %random
Rwork0.1952 ---
all0.1962 ---
obs0.1962 27852 97.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 1012 45 257 5802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.484
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.294 47
Rwork0.221 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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