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- PDB-2x67: The ternary complex of PrnB (the second enzyme in pyrrolnitrin bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x67
タイトルThe ternary complex of PrnB (the second enzyme in pyrrolnitrin biosynthesis pathway), tryptophan and cyanide
要素PRNB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / INDOLAMINE/TRYPTOPHAN DIOXYGENASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2電子酸化により分子状酸素が還元され二分子の水分子になる / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1320 / Monodechloroaminopyrrolnitrin synthase PrnB / Monodechloroaminopyrrolnitrin synthase PrnB / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRYPTOPHAN / Monodechloroaminopyrrolnitrin synthase PrnB
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Zhu, X. / van pee, K.-H. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The Ternary Complex of Prnb (the Second Enzyme in Pyrrolnitrin Biosynthesis Pathway), Tryptophan and Cyanide Yields New Mechanistic Insights Into the Indolamine Dioxygenase Superfamily.
著者: Zhu, X. / Van Pee, K.-H. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRNB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9566
ポリマ－39,9171
非ポリマー1,0395
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.392, 79.441, 92.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PRNB


分子量: 39917.492 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: BL915 / プラスミド: PCIBHISTEVPRNB_TRIPLE_CYSMUTANT / 発現宿主: PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株 (発現宿主): BL915 / Variant (発現宿主): DELTAORF(PRNA-PRND) / 参照: UniProt: P95481

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非ポリマー , 5種, 309分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 21 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 60 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 21 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 60 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 175 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4
詳細: 0.1M BIS-TRIS BUFFER PH 6.4, 10% PEG3350, 0.2M MGSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月17日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→30 Å / Num. obs: 24411 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V7J

2v7j


解像度: 2.16→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.596 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21073 1330 5.2 %RANDOM
Rwork0.16556 ---
obs0.16788 24411 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20.56 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 70 304 3111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3712.0283990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0575356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.54822.061131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65715450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.611531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6381.51777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16722852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12231140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4664.51138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 95 -
Rwork0.194 1755 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0282-0.01230.11552.55020.38230.69750.0320.1438-0.0325-0.1724-0.07-0.0274-0.01620.00680.0380.02360.00810.00180.1060.0140.096315.849716.3031-3.2058
20.4628-0.2702-0.09771.46450.58211.3002-0.0256-0.1061-0.00810.23160.029-0.0367-0.01480.0462-0.00350.0479-0.0052-0.0090.07040.02410.085117.288923.38114.4336
30.79990.97790.87914.07292.34833.3605-0.0361-0.129-0.10570.6182-0.05750.00760.2005-0.05580.09360.2255-0.00260.00860.14680.05240.063516.539527.245531.6628
42.5477-3.7763-3.83210.98750.66077.1673-0.0803-0.1107-0.06810.23050.12860.30480.1130.1753-0.04830.05260.01990.0090.01970.00120.008513.503716.633919.5628
511.5561-18.151722.930263.9341-27.931345.260.1854-0.54310.1414-0.4682-0.27970.10810.915-1.1920.09420.31030.0059-0.06580.19570.01310.218712.944813.810114.5404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3A271 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4A1359
5X-RAY DIFFRACTION4A1363
6X-RAY DIFFRACTION5A1360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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