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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1os8 | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT STREPTOMYCES GRISEUS TRYPSIN | ||||||
![]() | trypsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / TRYPSIN / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Page, M.J. / Wong, S.L. / Hewitt, J. / Strynadka, N.C. / MacGillivray, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineering the Primary Substrate Specificity of Streptomyces griseus Trypsin. 著者: Page, M.J. / Wong, S.L. / Hewitt, J. / Strynadka, N.C. / MacGillivray, R.T. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structure of Streptomyces Griseus Trypsin at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Read, R.J. / James, M.N.G. #2: ![]() タイトル: Critical Comparison of Comparative Model Building of Streptomyces Griseus Trypsin 著者: Read, R.J. / Brayer, G.D. / Jurasek, L. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AMINO ACID NUMBERING IS BASED ON CHYMOTRYPSINOGEN AND IS THE SAME AS THAT USED IN THE ...SEQUENCE AMINO ACID NUMBERING IS BASED ON CHYMOTRYPSINOGEN AND IS THE SAME AS THAT USED IN THE NATIVE STRUCTURE (PDB ID 1SGT). |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23122.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SPRT / プラスミド: PWB980 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.55 M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM CALCIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis / 詳細: Read, R.J., (1988) J.Mol.Biol., 200, 523. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→25 Å / Num. all: 73616 / Num. obs: 26599 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 74.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 25923 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 2.8 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.65 Å / % possible obs: 74.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT 開始モデル: 1SGT 解像度: 1.55→13.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.8134 Å2 / ksol: 0.415275 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.2 Å / Luzzati sigma a free: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→13.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: XTALVIEW / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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