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- PDB-1ory: FLAGELLAR EXPORT CHAPERONE IN COMPLEX WITH ITS COGNATE BINDING PARTNER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ory
タイトルFLAGELLAR EXPORT CHAPERONE IN COMPLEX WITH ITS COGNATE BINDING PARTNER
要素
  • Flagellin
  • flagellar protein FliS
キーワードCHAPERONE / flagellar chaperone / cytosolic export chaperone / flagellin / FliS / FliC
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar export chaperone, C-terminal domain / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin ...Flagellar export chaperone, C-terminal domain / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / Helix non-globular / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Flagellin / Flagellar protein FliS
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Evdokimov, A.G. / Phan, J. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Peters III, H.K. / Pokross, M. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Similar modes of polypeptide recognition by export chaperones in flagellar biosynthesis and type III secretion
著者: Evdokimov, A.G. / Phan, J. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Peters III, H.K. / Pokross, M. / Waugh, D.S.
履歴
登録2003年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: flagellar protein FliS
B: Flagellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8984
ポリマ－21,7082
非ポリマー1902
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
2
A: flagellar protein FliS
B: Flagellin
ヘテロ分子

A: flagellar protein FliS
B: Flagellin
ヘテロ分子

A: flagellar protein FliS
B: Flagellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,69412
ポリマ－65,1246
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area16250 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
3
A: flagellar protein FliS
B: Flagellin
ヘテロ分子

A: flagellar protein FliS
B: Flagellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7968
ポリマ－43,4164
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation42_654-x+7/4,z+1/4,y-1/41
Buried area9570 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area15400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.241, 166.241, 166.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
詳細The biological assembly is a heterodimer

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要素

#1: タンパク質 flagellar protein FliS


分子量: 15534.850 Da / 分子数: 1 / 変異: M12Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: FliS / プラスミド: pKM1384 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), pRIL / 参照: UniProt: O67806
#2: タンパク質 Flagellin


分子量: 6173.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: FLAA OR FLIC OR AQ_1998 / プラスミド: pKM1384 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), pRIL / 参照: UniProt: O67803
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% isopropanol, 200mM Lithium sulfate, citrate-phosphate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMMES1droppH6.5
3150 mM1dropNaCl
42 mMdithiothreitol1drop
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMMES1reservoirpH5.4-6.2., or cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.45→27.7 Å / Num. all: 14386 / Num. obs: 14386 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.66
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 1610 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 13539 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0445
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Num. unique obs: 1492 / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OQP

1oqp


解像度: 2.45→27.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.295 / SU ML: 0.144 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26341 721 5 %RANDOM
Rwork0.21454 ---
all0.218 14339 --
obs0.21694 14339 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.773 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→27.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 10 103 1422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.9871792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6925157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6661.5791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.56321286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5323540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.5884.5506
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.4 59
Rwork0.301 1000
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.06
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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