PDB-1or7: Crystal Structure of Escherichia coli sigmaE with the Cytoplasmic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1or7

タイトル

Crystal Structure of Escherichia coli sigmaE with the Cytoplasmic Domain of its Anti-sigma RseA

要素

RNA polymerase sigma-E factor
Sigma-E factor negative regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION / regulation / DNA-BINDING / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / response to osmotic stress / response to temperature stimulus / submerged biofilm formation / response to stress / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Campbell, E.A. / Tupy, J.L. / Gruber, T.M. / Wang, S. / Sharp, M.M. / Gross, C.A. / Darst, S.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli sigmaE with the cytoplasmic domain of its anti-sigma RseA.
著者: Campbell, E.A. / Tupy, J.L. / Gruber, T.M. / Wang, S. / Sharp, M.M. / Gross, C.A. / Darst, S.A.

履歴

登録	2003年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1or7.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1or7.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1or7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1or7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1or7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4r2l-d 4m0v-1 5brk-d 4jds-4 4lty-1 5bo5-4 3qy2-d 3dpp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: RNA polymerase sigma-E factor

C: Sigma-E factor negative regulatory protein

B: RNA polymerase sigma-E factor

F: Sigma-E factor negative regulatory protein

64.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA polymerase sigma-E factor

C: Sigma-E factor negative regulatory protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA polymerase sigma-E factor

F: Sigma-E factor negative regulatory protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.049, 56.901, 104.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological assembly is a heterodimer of sigma E (chains A,B) plus RseA (chain C), or chains (D,E) plus chain F

#1: タンパク質	RNA polymerase sigma-E factor / Sigma-24 分子量: 22003.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: RPOE OR SIGE OR B2573 OR C3097 OR Z3855 OR ECS3439 OR SF2635 プラスミド: pLC31 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AGB6
#2: タンパク質	Sigma-E factor negative regulatory protein 分子量: 10408.719 Da / 分子数: 2 / Fragment: RseA-N, residues 1-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RSEA OR MCLA OR B2572 OR C3096 / プラスミド: pLC31 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AFX7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.04 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium formate, MES buffer, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	1.6 M	sodium formate	1	reservoir
3	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35 Å / Num. all: 84266 / Num. obs: 82833 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4296 / R_sym value: 0.359 / % possible all: 92.3
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 181227 / R_merge(I) obs*: 0.069
反射シェル	PLUS % possible obs: 92.8 % / R_merge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs*: 2.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.101 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.148
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23149	2134	5 %	RANDOM
R_work	0.19705	-	-	-
all	0.1987	-	-	-
obs	0.19879	40441	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.358 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0 Å²	1.1 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3808	0	0	175	3983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.959	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.125	3	8280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.159	3	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.498	15	715
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.257	0.3	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.3	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.335	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.331	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.3	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.319	0.3	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.009	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.5	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.622	2	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.884	3	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.766	4.5	1407

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.307	165
R_work	0.3	2975

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6713	-1.9986	-1.3433	2.7922	0.2948	1.7385	-0.2552	-0.3705	-0.6902	-0.0446	0.1515	0.3504	0.1827	0.0113	0.1037	0.1184	0.0197	-0.0006	0.2167	0.0939	0.1799	-2.9302	48.4018	24.8395
2	3.1163	-1.3176	-0.9001	5.2903	1.5168	3.4885	0.0856	-0.2674	0.3696	-0.2693	-0.0258	-0.5106	-0.2571	0.2772	-0.0598	0.1105	-0.0481	-0.0258	0.2411	-0.0386	0.2131	5.3369	74.0069	28.83
3	2.2551	-0.6138	-0.0442	3.0682	1.0077	2.7538	0.0552	0.0085	0.1336	-0.4436	-0.2086	0.1297	-0.1044	-0.1555	0.1534	0.1465	0.0341	-0.027	0.2206	-0.0102	0.1047	-5.1756	65.054	21.2894
4	3.1951	-1.1555	-0.4275	3.4311	-0.017	2.3147	-0.1648	-0.3888	-0.2494	0.2448	0.2392	0.2184	0.1008	-0.1417	-0.0744	0.0967	0.0398	0.0158	0.0942	0.0449	0.0514	27.6651	35.4121	20.1517
5	1.8994	0.177	-0.3809	3.3287	-0.7435	1.8878	0.0317	-0.052	0.0792	-0.1497	0.0724	0.2331	-0.1142	-0.1311	-0.104	0.0536	-0.0043	-0.0369	0.0107	0.0227	0.0631	28.5825	49.6457	-0.6756
6	2.1122	-0.5267	-0.2014	2.0264	-0.1882	1.6793	-0.0289	-0.2228	0.2179	0.2491	0.0762	-0.1793	-0.0653	0.1705	-0.0472	0.1108	0.0127	-0.027	0.0714	-0.0213	0.1043	35.04	45.5097	12.0299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 111	5 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	123 - 187	126 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	B	1 - 66	4 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	C	2 - 91	5 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	C	122 - 190	125 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	D	1 - 64	1 - 64

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.232 / R_factor R_work: 0.197

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.48

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