PDB-1or5: SOLUTION STRUCTURE OF THE HOLO-FORM OF THE FRENOLICIN ACYL CARRIE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1or5

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE HOLO-FORM OF THE FRENOLICIN ACYL CARRIER PROTEIN, MINIMIZED MEAN STRUCTURE

要素

acyl carrier protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ACYL CARRIER PROTEIN / ACP / BIOSYNTHESIS / FRENOLICIN / HOLO / POLYKETIDE SYNTHASE / PKS

機能・相同性

ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Acyl carrier protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces roseofulvus (バクテリア)

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Li, Q. / Khosla, C. / Puglisi, J. / Liu, C.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution Structure and Backbone Dynamics of the Holo Form of the Frenolicin Acyl Carrier Protein
著者: Li, Q. / Khosla, C. / Puglisi, J.D. / Liu, C.W.

履歴

登録	2003年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1or5.cif.gz	33.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1or5.ent.gz	23.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1or5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1or5_validation.pdf.gz	243.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1or5_full_validation.pdf.gz	242.8 KB	表示
XML形式データ	1or5_validation.xml.gz	3.4 KB	表示
CIF形式データ	1or5_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1or5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1or5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4lnp-d 4pqt-2 3qx1-2 3r3m-2 4mo0-d 1h8c-d 2nbd-d 3r3m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: acyl carrier protein

8.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: タンパク質	acyl carrier protein / FREN N / FREN ACP 分子量: 8799.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces roseofulvus (バクテリア) プラスミド: PET21C-FRENACP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q54996

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HN(CA)CB
1	2	1	C(CO)NH
1	3	1	H(CCO)NH
1	4	1	(H)CCH-TOCSY
1	5	1	(H)CCH-COSY
1	6	1	HNHA
1	7	1	13C/15N-HSQC-NOESY
1	8	1	15N-HSQC-NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

-
試料調製

詳細	内容: 0.7 TO 1.2 MM 15N,13C 30 MM SODIUM PHOSPHATE PH 5.5; 2 MM DTT; 0.5% NAN3
試料状態	イオン強度: 30 mM PHOSPHATE / pH: 5.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 288.00 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
DYANA	1.5	精密化
NMRPipe		構造決定
Sparky		構造決定

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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