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- PDB-1oqs: Crystal Structure of RV4/RV7 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oqs
タイトルCrystal Structure of RV4/RV7 Complex
要素
  • Phospholipase A2 RV-4
  • Phospholipase A2 RV-7
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 inhibitor activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2 RV-7 / Basic phospholipase A2 RV-4
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii siamensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Perbandt, M. / Betzel, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of the heterodimeric neurotoxic complex viperotoxin F (RV-4/RV-7) from the venom of Vipera russelli formosensis at 1.9 A resolution.
著者: Perbandt, M. / Tsai, I.H. / Fuchs, A. / Banumathi, S. / Rajashankar, K.R. / Georgieva, D. / Kalkura, N. / Singh, T.P. / Genov, N. / Betzel, C.
履歴
登録2003年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 RV-7
B: Phospholipase A2 RV-4
C: Phospholipase A2 RV-7
D: Phospholipase A2 RV-4
E: Phospholipase A2 RV-7
F: Phospholipase A2 RV-4
G: Phospholipase A2 RV-7
H: Phospholipase A2 RV-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0798
ポリマ－110,0798
非ポリマー00
水6,431357
1
A: Phospholipase A2 RV-7
B: Phospholipase A2 RV-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5202
ポリマ－27,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
2
C: Phospholipase A2 RV-7
D: Phospholipase A2 RV-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5202
ポリマ－27,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
3
E: Phospholipase A2 RV-7
F: Phospholipase A2 RV-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5202
ポリマ－27,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
4
G: Phospholipase A2 RV-7
H: Phospholipase A2 RV-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5202
ポリマ－27,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.918, 85.125, 78.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Phospholipase A2 RV-7 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / Phospholipase A2 inhibitor


分子量: 13689.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii siamensis (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: siamensis / 参照: UniProt: P31100, phospholipase A2
#2: タンパク質
Phospholipase A2 RV-4 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 13830.759 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii siamensis (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: siamensis / 参照: UniProt: Q02471, phospholipase A2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
温度: 289 K / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
124 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1droppH4.5
37 %MPD1reservoir
41 %PEG40001reservoir
51 mM1reservoirpH4.5CaCl2

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 75576 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 74210 / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.281

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.1.16 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 5.019 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28409 1338 1.8 %RANDOM
Rwork0.22183 ---
obs0.22293 74210 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4 Å20 Å2-0.34 Å2
2--3.16 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7655 0 0 357 8012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0217802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1821.92910463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4725920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.240.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.025940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3460.24258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2610.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5370.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6270.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6521.54740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38327464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.96733062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4054.52999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.34 91
Rwork0.292 5008
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg5.133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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