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- PDB-1oqb: The Crystal Structure of the one-iron form of the di-iron center ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oqb
タイトルThe Crystal Structure of the one-iron form of the di-iron center in Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean).
要素Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
キーワードOXIDOREDUCTASE / di-iron enzyme / four-helix bundle / fatty acid biosynthesis / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / stearoyl-[ACP] desaturase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A.K. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Azide and Acetate Complexes plus two iron-depleted Crystal Structures of the Di-iron Enzyme delta9 Stearoyl-ACP Desaturase-Implications for Oxygen Activation and Catalytic Intermediates
著者: Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2003年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
B: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
C: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
D: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
E: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
F: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,55512
ポリマ－250,2206
非ポリマー3356
水905
1
A: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
B: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5184
ポリマ－83,4072
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
2
C: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
D: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5184
ポリマ－83,4072
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
3
E: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
F: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5184
ポリマ－83,4072
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.908, 145.791, 192.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: FE2 / End label comp-ID: FE2 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 18 - 364 / Label seq-ID: 18

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - G
2BB - H
3CC - I
4DD - J
5EE - K
6FF - L
詳細The enzyme is dimeric and the unit cell contains three of these dimers giving six protein chains

-
要素

#1: タンパク質
Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase / Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase


分子量: 41703.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold
参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 8-12% Peg8000, 50mM Potassium Dihydrogen Phosphate and 20% Glycerol as cryoprotectant, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
170 mMsodium azide1drop
20.08 Mcacodylate1reservoirpH5.4
3200 mMmagnesium acetate1reservoir
475 mMammonium sulfate1reservoir
50.2 %octyl-glucoside1reservoir
612-15 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.8423 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 57328 / Num. obs: 45472 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rsym value: 0.252 / % possible all: 32
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 32 % / Rmerge(I) obs: 0.252

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 20.931 / SU ML: 0.384 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24803 935 2.1 %RANDOM
Rwork0.22428 ---
all0.22477 57328 --
obs0.22477 44537 79.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.53 Å20 Å20 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3---5.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16836 0 6 5 16847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02117244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2391.94623352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.35652070
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.28802
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4210.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.261.510374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.546216788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15236870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9434.56564
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.040.05
3Ctight positional0.040.05
4Dtight positional0.040.05
5Etight positional0.030.05
6Ftight positional0.030.05
1Atight thermal0.060.5
2Btight thermal0.070.5
3Ctight thermal0.070.5
4Dtight thermal0.070.5
5Etight thermal0.060.5
6Ftight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 31
Rwork0.315 1323
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0738-0.64160.17433.095-0.18761.1166-0.20680.0191.00810.828-0.2313-0.7459-0.3585-0.0390.25440.00260.01450.40320.20010.2393-35.41295.74511.247
22.8144-0.32940.21483.2910.8290.68710.265-0.2397-0.48870.7638-0.07750.4918-0.1532-0.00740.11540.0587-0.070.1819-0.08210.2349-37.996.50640.729
32.13780.2976-0.44211.3782-0.59142.7187-0.41960.0901-0.88780.1298-0.00090.7195-0.51150.34470.2844-0.1063-0.01210.3228-0.05840.1636-8.4570.44356.919
42.36140.3145-0.5842.0574-1.81562.19540.0826-0.4896-0.304-0.9538-0.1381-0.16850.52460.23650.11620.04680.09730.11520.04570.4037-10.8144.52742.912
52.80390.14630.24532.22980.97951.80790.08070.22610.5596-1.2019-0.2995-0.02850.71860.09120.2728-0.01190.00660.2613-0.15140.609518.7343.8112.236
63.1526-0.1228-0.4231.84050.70762.48510.03950.06491.4250.0522-0.1922-0.9566-0.3841-0.080.3958-0.09390.06010.65240.05350.214316.09369.005-3.247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA - G18 - 36418 - 1
2X-RAY DIFFRACTION2BB - H18 - 36418 - 1
3X-RAY DIFFRACTION3CC - I18 - 36418 - 1
4X-RAY DIFFRACTION4DD - J18 - 36418 - 1
5X-RAY DIFFRACTION5EE - K18 - 36418 - 1
6X-RAY DIFFRACTION6FF - L18 - 36418 - 1
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.24
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.85 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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