+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oqb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Crystal Structure of the one-iron form of the di-iron center in Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean). | ||||||
要素 | Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / di-iron enzyme / four-helix bundle / fatty acid biosynthesis / electron transfer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ricinus communis (トウゴマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A.K. / Lindqvist, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Azide and Acetate Complexes plus two iron-depleted Crystal Structures of the Di-iron Enzyme delta9 Stearoyl-ACP Desaturase-Implications for Oxygen Activation and Catalytic Intermediates 著者: Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A. / Lindqvist, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oqb.cif.gz | 403.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1oqb.ent.gz | 331.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oqb_validation.pdf.gz | 436.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1oqb_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oqb_validation.xml.gz | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oqb_validation.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: FE2 / End label comp-ID: FE2 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 18 - 364 / Label seq-ID: 18
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | The enzyme is dimeric and the unit cell contains three of these dimers giving six protein chains |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41703.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold 参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 8-12% Peg8000, 50mM Potassium Dihydrogen Phosphate and 20% Glycerol as cryoprotectant, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.8423 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8423 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 57328 / Num. obs: 45472 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Rsym value: 0.252 / % possible all: 32 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 32 % / Rmerge(I) obs: 0.252 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 20.931 / SU ML: 0.384 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.465 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.124 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.85 Å |