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- PDB-1opf: THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1opf
タイトルTHE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM
要素MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion channel activity / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N.
引用
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structures Explain Functional Properties of Two E. Coli Porins
著者: Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Rummel, G. / Steiert, M. / Ghosh, R. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: A Common Channel-Forming Motif in Evolutionarily Distant Porins
著者: Pauptit, R.A. / Schirmer, T. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P. / Parker, M.W. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. / Weiss, M.S. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1986
タイトル: The Growth and Characterization of Membrane Protein Crystals
著者: Garavito, R.M. / Markovic-Housley, Z. / Jenkins, J.A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: X-Ray Diffraction Analysis of Matrix Porin, an Integral Membrane Protein from Escherichia Coli Outer Membranes
著者: Garavito, R.M. / Jenkins, J. / Jansonius, J.N. / Karlsson, R. / Rosenbusch, J.P.
#5: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1980
タイトル: Three-Dimensional Crystals of an Integral Membrane Protein: An Initial X-Ray Analysis
著者: Garavito, R.M. / Rosenbusch, J.P.
履歴
登録1994年11月21日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Database references
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
B: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
C: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
D: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
E: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
F: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,6866
ポリマ－222,6866
非ポリマー00
水00
1
A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
B: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
C: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area40150 Å2
手法PISA
2
D: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
E: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
F: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.900, 154.900, 172.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1187, 0.98614, -0.11593), (-0.01757, 0.11466, 0.99325), (0.99277, 0.11994, 0.00371)86.74791, 1.46502, -77.10458
2given(-0.11837, -0.01763, 0.99281), (0.98615, 0.11492, 0.11961), (-0.1162, 0.99322, 0.00379)86.83439, -76.4758, 8.91059
3given(-0.97362, -0.22814, -0.0029), (-0.22814, 0.97363, 2.0E-5), (0.00282, 0.00068, -1)152.8905, 17.64569, -0.29894
4given(0.11662, -0.98667, -0.11347), (0.00996, -0.11308, 0.99354), (-0.99313, -0.11699, -0.00336)68.31725, -0.72167, 77.05116
5given(-0.10915, -0.01198, -0.99395), (0.98717, 0.11591, -0.1098), (0.11653, -0.99319, -0.00083)85.74075, -76.62802, -9.01502
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO TRIMERS. THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE OTHER FIVE MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT WHEN APPLIED TO THE COORDINATES IN THIS ENTRY.

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要素

#1: タンパク質
MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.48 %
結晶化
*PLUS
温度: 21-23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Garavito, R.M., (1986) Methods Enzymol., 125, 309. / PH range low: 7 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16-9 mg/mlprotein1drop
27.5 %(w/v)PEG20001drop
320-50 mMsodium phosphate1drop
40.8 %(w/v)octylglucoside1drop
50.08 %(w/v)detergent1drop
60.01 %(w/v)1dropNaN3
715 %PEG20001reservoir
840-500 mM1reservoirNaCl
940-100 mMsodium phosphate1reservoir
100.01 %1reservoirNaN3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 56516 / % possible obs: 87 %
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. measured all: 133465 / Rmerge(I) obs: 0.125

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.2→10 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.241 -
obs0.241 55523
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15762 0 0 0 15762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.581
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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