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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1opa | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF HOLO-AND APO-CELLULAR RETINOL BINDING PROTEIN II | ||||||
![]() | CELLULAR RETINOL BINDING PROTEIN II | ||||||
![]() | RETINOL TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid metabolism and transport / retinal binding / retinol metabolic process / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / lipid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Winter, N. / Banaszak, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of holo and apo-cellular retinol-binding protein II. 著者: Winter, N.S. / Bratt, J.M. / Banaszak, L.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A TEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A TEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY AN ELEVEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 367.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15606.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P06768 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 17.5 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 18521 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 75766 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.2 / Rfactor obs: 0.2 / 最高解像度: 1.9 Å 詳細: DATA WAS COLLECTED TO 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION ON SIEMENS AREA DETECTOR. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE COORDINATES OF CELLULAR RETINOL BINDING PROTEIN AS A MODEL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 5 Å / Rfactor obs: 0.173 / Num. reflection obs: 71716 / σ(I): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.329 |