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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oo0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Drosophila Mago nashi-Y14 complex | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / RNA recognition motif / splicing / Protein complex / Exon junction complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of pole plasm mRNA localization / oocyte nucleus localization involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / maintenance of pole plasm mRNA location / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA Splicing - Major Pathway / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / oocyte anterior/posterior axis specification ...establishment of pole plasm mRNA localization / oocyte nucleus localization involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / maintenance of pole plasm mRNA location / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA Splicing - Major Pathway / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / oocyte anterior/posterior axis specification / oocyte microtubule cytoskeleton organization / pole plasm / germarium-derived oocyte fate determination / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / pole plasm oskar mRNA localization / oocyte dorsal/ventral axis specification / pole plasm assembly / exon-exon junction complex / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / oogenesis / precatalytic spliceosome / mRNA transport / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / protein localization / mRNA splicing, via spliceosome / microtubule cytoskeleton organization / mRNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, H. / Xu, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Drosophila Mago nashi-Y14 complex 著者: Shi, H. / Xu, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17335.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MAGO / プラスミド: pMR101 (His-Mago) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12698.081 Da / 分子数: 1 / Fragment: Middle Fragment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TSU / プラスミド: pGEX-KG (Y14) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 145分子 ![](data/chem/img/SR.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SR / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: MPD, sodium acetate, Strontium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月22日 / 詳細: mirror | ||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 23235 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 1.85 Å / % possible all: 97.5 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 23222 / Num. measured all: 155205 / Rmerge(I) obs: 0.051 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.4 % / Rmerge(I) obs: 0.346 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.86 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.261 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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