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- PDB-1oni: Crystal structure of a human p14.5, a translational inhibitor rev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oni
タイトルCrystal structure of a human p14.5, a translational inhibitor reveals different mode of ligand binding near the invariant residues of the Yjgf/UK114 protein family
要素14.5 kDa translational inhibitor protein
キーワードTRANSLATION / YjgF/YER057c/UK114 family / Trichloroacetic acid soluble protein / Translational inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Threonine catabolism / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / L-threonine catabolic process to glycine / : / deaminase activity / response to salt / G1 to G0 transition / response to lipid / long-chain fatty acid binding ...Threonine catabolism / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / L-threonine catabolic process to glycine / : / deaminase activity / response to salt / G1 to G0 transition / response to lipid / long-chain fatty acid binding / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / transition metal ion binding / kidney development / lung development / brain development / peroxisome / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Manjasetty, B.A. / Delbrueck, H. / Mueller, U. / Erdmann, M.F. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of Homo sapiens protein hp14.5.
著者: Manjasetty, B.A. / Delbruck, H. / Pham, D.T. / Mueller, U. / Fieber-Erdmann, M. / Scheich, C. / Sievert, V. / Bussow, K. / Niesen, F.H. / Weihofen, W. / Loll, B. / Saenger, W. / Heinemann, U. / Neisen, F.H.
履歴
登録2003年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14.5 kDa translational inhibitor protein
B: 14.5 kDa translational inhibitor protein
C: 14.5 kDa translational inhibitor protein
D: 14.5 kDa translational inhibitor protein
E: 14.5 kDa translational inhibitor protein
F: 14.5 kDa translational inhibitor protein
G: 14.5 kDa translational inhibitor protein
H: 14.5 kDa translational inhibitor protein
I: 14.5 kDa translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,26422
ポリマ－130,6769
非ポリマー1,58813
水7,981443
1
A: 14.5 kDa translational inhibitor protein
B: 14.5 kDa translational inhibitor protein
C: 14.5 kDa translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1698
ポリマ－43,5593
非ポリマー6115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
2
D: 14.5 kDa translational inhibitor protein
E: 14.5 kDa translational inhibitor protein
F: 14.5 kDa translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0477
ポリマ－43,5593
非ポリマー4884
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
3
G: 14.5 kDa translational inhibitor protein
H: 14.5 kDa translational inhibitor protein
I: 14.5 kDa translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0477
ポリマ－43,5593
非ポリマー4884
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.158, 154.158, 104.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
14.5 kDa translational inhibitor protein / p14.5 / UK114 antigen homolog


分子量: 14519.549 Da / 分子数: 9 / 断片: Translational inhibitor / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PROTEIN STRUCTURE FACTORY CLONE ID 104124 / 遺伝子: PSP / プラスミド: PSFEP758H0822 / 細胞内の位置 (発現宿主): cytoplasm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 / 参照: UniProt: P52758
#2: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium malonate, sodium benzoate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112.8 mg/mlprotein1drop
22 Msodium malonate1reservoir
30.3 Msodium benzoate1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.98004
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 110385 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 94.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 754078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.239 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REFINEMENT WITH TLS PARAMETERS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 5511 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all-110333 --
obs-104822 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å2-0.62 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8981 0 117 443 9541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.97712493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.467319982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.09731201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46151627
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.31880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.38235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3160.57
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1210.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.56022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62729677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2433189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6924.52829
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 369
Rwork0.242 7101
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25830.12450.30791.32510.44441.2979-0.00020.06710.0421-0.1365-0.0394-0.0872-0.13960.06110.03960.2355-0.0149-0.02370.17750.05960.083835.12829.95715.401
21.5152-0.25430.55461.66550.05851.4506-0.0926-0.1645-0.08330.26020.02290.06610.0181-0.09450.06960.2626-0.00360.00140.1920.05530.073427.84217.42633.741
31.67660.2980.53941.60950.44141.2539-0.0305-0.011-0.1795-0.0645-0.0068-0.20590.13690.1550.03730.25440.01860.00940.19770.06350.144341.5257.64417.552
41.20030.7033-0.16552.1195-1.07752.3256-0.05260.07010.1632-0.11590.16280.3188-0.0427-0.0211-0.11020.256-0.0124-0.02630.17920.03040.046456.22452.23228.026
51.7906-0.1550.78751.8062-0.33111.84290.21030.1036-0.1834-0.14770.02980.08140.3070.1508-0.24010.30430.0302-0.05680.1977-0.01040.023462.64831.41136.066
61.24660.07360.74162.082-1.24183.0711-0.0010.11280.13080.359-0.1625-0.2258-0.32340.53390.16360.3228-0.0683-0.03290.27890.0150.003672.3150.73144.726
72.72740.2291-0.37971.4850.01741.425-0.12620.0478-0.28190.0292-0.10070.17120.0593-0.16680.2270.2398-0.02330.01470.3039-0.07220.1189-4.9229.86730.044
82.83350.842-0.29812.1937-0.4451.76710.25630.07790.28820.2286-0.07180.4828-0.2914-0.1033-0.18450.34720.0270.07530.2854-0.07850.2177-12.94151.39633.263
91.7339-0.1027-0.3522.59490.38682.41170.14460.26880.1224-0.3317-0.1789-0.0256-0.2667-0.1480.03440.31510.0529-0.01140.34320.00510.07332.69347.37516.631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA25 - 12526 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2BB25 - 12526 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3CC25 - 12526 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4DD25 - 12526 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5EE25 - 12526 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6FF25 - 12526 - 126
7X-RAY DIFFRACTION7GG25 - 12526 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8HH25 - 12526 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9II25 - 12526 - 126
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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