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万見
- PDB-1ond: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 50S LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ond
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 50S LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS COMPLEXED WITH TROLEANDOMYCIN MACROLIDE ANTIBIOTIC
要素
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 50S ribosomal protein L22
  • 50S ribosomal protein L32
キーワードRIBOSOME / RIBOSOMES / TRNA / MACROLIDE / ANTIBIOTIC / EXIT-TUNNEL L22 / BLOCKAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / : / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Zinc-binding ribosomal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TROLEANDOMYCIN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Berisio, R. / Schluenzen, F. / Harms, J. / Bashan, A. / Auerbach, T. / Baram, D. / Yonath, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural insight into the role of the ribosomal tunnel in cellular regulation
著者: Berisio, R. / Schluenzen, F. / Harms, J. / Bashan, A. / Auerbach, T. / Baram, D. / Yonath, A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structural basis for the interaction of antibiotics with the peptidyl transferase centre in eubacteria
著者: Schlunzen, F. / Zarivach, R. / Harms, J. / Bashan, A. / Tocilj, A. / Albrecht, R. / Yonath, A. / Franceschi, F.
履歴
登録2003年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S RIBOSOMAL RNA
Q: 50S ribosomal protein L22
Z: 50S ribosomal protein L32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)956,2204
ポリマ－955,4063
非ポリマー8141
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.250, 411.090, 695.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228
#4: 化合物 ChemComp-TAO / TROLEANDOMYCIN / (3R,5S,6S,7R,8S,11S,12R,13S,14R,15S)-12-[(4-O-ACETYL-2,6-DIDEOXY-3-O-METHYL-ALPHA-L-ARABINO-HEXOPYRANOSYL)OXY]-14-{[2-O-ACETYL-3,4,6-TRIDEOXY-3-(DIMETHYLAMINO)-BETA-D-XYLO-HEXOPYRANOSYL]OXY}-5,7,8,11,13,15-HEXAMETHYL-4,10-DIOXO-1,9-DIOXASPIRO[2.13]HEXADEC-6-YL ACETATE


分子量: 813.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H67NO15 / コメント: 阻害剤*YM
構成要素の詳細THE ENTRY CONTAINS ONLY A PART OF THE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / 詳細: EVAPORATION
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Harms, J.M., (2001) Cell (Cambridge,Mass.), 107, 679.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mM1reservoirMgCl2
260 mM1reservoirNH4Cl
35 mM1reservoirKCl
410 mMHEPES1reservoirpH7.8

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.033
シンクロトロンESRF ID2921.038
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日
放射モノクロメーター: SI111 OR SI311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21.0381
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. all: 291247 / Num. obs: 291247 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 13839 / % possible all: 84.5
反射
*PLUS
最高解像度: 3.4 Å / 最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw


解像度: 3.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: The protein chains contain CA only.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 10833 5 %RANDOM
Rwork0.261 ---
all0.316 252304 --
obs0.262 217346 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.05 Å0.04 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数188 59336 57 0 59581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
LS精密化 シェル解像度: 3.4→8 Å
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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