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- PDB-1ome: CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMEGA LOOP DELETION MUTANT (RESIDUES 163... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ome
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE OMEGA LOOP DELETION MUTANT (RESIDUES 163-178 DELETED) OF BETA-LACTAMASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS PC1
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAM ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Banerjee, S. / Pieper, U. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Role of the omega-loop in the activity, substrate specificity, and structure of class A beta-lactamase.
著者: Banerjee, S. / Pieper, U. / Kapadia, G. / Pannell, L.K. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1995
タイトル: An Engineered Staphylococcus Aureus Pc1 Beta-Lactamase that Hydrolyses Third-Generation Cephalosporins
著者: Zawadzke, L.E. / Smith, T.J. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0 A Resolution
著者: Herzberg, O.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics: Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 A Resolution
著者: Herzberg, O. / Moult, J.
履歴
登録1998年2月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9843
ポリマ－57,9492
非ポリマー351
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.000, 55.000, 79.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / PENICILLINASE


分子量: 28974.406 Da / 分子数: 2 / 変異: DELETION OF AN OMEGA LOOP (RESIDUES 163 - 178) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: PC1
解説: INDUCIBLE TRC PROMOTOR PKK233-2 DERIVATIVE WITH TN9 CAT GENE INSERTED INTO TEM BLAZ
遺伝子: BLAZ / プラスミド: PTS32 / 遺伝子 (発現宿主): BLAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P00807, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING SCHEME IS ACCORDING TO AMBLER ET AL., BIOCHEM. J. 276:269-272, 1991.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8
詳細: 68% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.5% PEG 1000, 0.3M KCL, 0.1M SODIUM BICARBONATE PH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.0 mg/mlenzyme1drop
234 %satammonium sulfate1drop
30.25 %PEG10001drop
40.15 Mpotassium chloride1drop
50.05 Msodium bicarbonate1drop
668 %satammonium sulfate1reservoir
70.5 %PEG10001reservoir
80.3 Mpotassium chloride1reservoir
90.1 Msodium bicarbonate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: SIEMENS MIRRORS
放射モノクロメーター: SIEMENS MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 25484 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 70
反射
*PLUS
Num. all: 29398
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70 % / Num. measured obs: 4822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BLM

3blm


解像度: 2.3→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 2288 10 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 23262 79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3744 0 1 181 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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