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- PDB-1oln: Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oln
タイトルModel for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA
要素
  • 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
  • RNA
  • THIOSTREPTON
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / RIBOSOME-ANTIBIOTIC COMPLEX / THIOPEPTIDE / ANTIBACTERIAL / THIAZOLE / OXAZOLE / RIBOSOME / L11 / TRANSLATION INHIBITION
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / defense response to bacterium / structural constituent of ribosome / translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily ...Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOSTREPTON / RNA / RNA (> 10) / Thiostrepton / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
STREPTOMYCES AZUREUS (バクテリア)
手法溶液NMR / 理論モデル / DOCKING, モデリング
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Lentzen, G. / Klinck, R. / Matassova, N. / Aboul-Ela, F. / Murchie, A.I.H.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Contrasting Activities of Ribosome Binding Thiazole Antibiotics
著者: Lentzen, G. / Klinck, R. / Matassova, N. / Aboul-Ela, F. / Murchie, A.I.H.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 1999
タイトル: A detailed view of a ribosomal active site: the structure of the L11-RNA complex.
著者: B T Wimberly / R Guymon / J P McCutcheon / S W White / V Ramakrishnan /
要旨: We report the crystal structure of a 58 nucleotide fragment of 23S ribosomal RNA bound to ribosomal protein L11. This highly conserved ribonucleoprotein domain is the target for the thiostrepton ...We report the crystal structure of a 58 nucleotide fragment of 23S ribosomal RNA bound to ribosomal protein L11. This highly conserved ribonucleoprotein domain is the target for the thiostrepton family of antibiotics that disrupt elongation factor function. The highly compact RNA has both familiar and novel structural motifs. While the C-terminal domain of L11 binds RNA tightly, the N-terminal domain makes only limited contacts with RNA and is proposed to function as a switch that reversibly associates with an adjacent region of RNA. The sites of mutations conferring resistance to thiostrepton and micrococcin line a narrow cleft between the RNA and the N-terminal domain. These antibiotics are proposed to bind in this cleft, locking the putative switch and interfering with the function of elongation factors.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of a Conserved Ribosomal Protein-RNA Complex
著者: Conn, G.L. / Draper, D.E. / Lattman, E.E. / Gittis, A.G.
履歴
登録2003年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
B: THIOSTREPTON
C: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4803
ポリマ－35,4803
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -LEAST RESTRAINT VIOLATION AND BEST OVERALL DOCKING SCORE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 14980.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) / 参照: UniProt: P29395
#2: タンパク質・ペプチド THIOSTREPTON / ALANINAMIDE / BRYAMYCIN / THIACTIN


タイプ: Thiopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1805.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Thiostrepton is a hetrocyclic thiopeptide belonging to the thiocillin family, consisting of four thiazole, one thiozoline and one piperideine rings. A modified quinoline linked to main-chain ...詳細: Thiostrepton is a hetrocyclic thiopeptide belonging to the thiocillin family, consisting of four thiazole, one thiozoline and one piperideine rings. A modified quinoline linked to main-chain residue 1 and side-chain of residue 12. Post translational maturation of thiazole and oxazole containing antibiotics involves the enzymic condensation of a Cys or Ser with the alpha-carbonyl of the preceding amino acid to form a thioether or ether bond, then dehydration to form a double bond with the alpha-amino nitrogen. Thiazoline or oxazoline ring are dehydrogenated to form thiazole or oxazole rings. the pyridinyl involves the cross-linking of a Ser and a Cys-Ser pair usually separated by 7 or 8 residues along the peptide chain. The Ser residues are dehydrated to didehydroalanines, then bonded between their beta carbons. The alpha carbonyl of the Cys condenses with alpha carbon of the first Ser to form a pyridinyl ring. The ring may be mutiply dehydrogenated to form a pyridine ring with loss of the amino nitrogen of the first Ser. The amidation of Ser-17 probably does not occur by the same mechanism, oxidative cleavage of glycine, as in eukaryotes.
由来: (天然) STREPTOMYCES AZUREUS (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C8P8, THIOSTREPTON
#3: RNA鎖 RNA


分子量: 18693.145 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1051-1108 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
構成要素の詳細THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC ...THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC CORE, CONSISTING OF A NITROGEN CONTAINING, SIX-MEMBERED RING CENTRAL TO DEHYDROAMINO ACIDS AND A SUBSET OF FIVE MEMBER RING STRUCTURES INCLUDING THIAZOLES, THIAZOLINES AND OXAZOLES. HERE, THIOSTREPTON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: THIOSTREPTON CHAIN: B COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 0 TO 18 DESCRIPTION: THIOSTREPTON IS A HETEROCYCLIC THIOPEPTIDE, CONSISTING OF FOUR THIAZOLES ONE THIAZOLINE ONE PIPERIDEINE RINGS. A MODIFIED QUINOLINE LINKED TO MAIN-CHAIN RESIDUE 1 AND SIDE-CHAIN OF RESIDUE 12. THE OBSERVED C-TERMINAL AMINO GROUP NH2(18) IS LIKELY TO BE A POST-TRANSLATIONAL DECARBOXYLATED REMNANT OF A SER C-TERMINAL RESIDUE.

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
理論モデル
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: BEST OVERALL DOCKING SCORE AND LEAST RESTRAINT VIOLATION. THE NOES INCLUDED IN THE RESTRAINTED MODELING WERE OBTAINED FROM A FILTERED NOESY EXPERIMENT ON A COMPLEX OF UNLABELED THIOSTREPTON ...Text: BEST OVERALL DOCKING SCORE AND LEAST RESTRAINT VIOLATION. THE NOES INCLUDED IN THE RESTRAINTED MODELING WERE OBTAINED FROM A FILTERED NOESY EXPERIMENT ON A COMPLEX OF UNLABELED THIOSTREPTON WITH THE RNA. AS ALL INTERNAL COORDINATES WERE HELD RIGID ACCORDING TO THE X-RAY STRUCTURES, ONLY INTERMOLECULAR NOES WERE INCLUDED. ASSIGNMENTS FOR RNA WERE CHOSEN FROM AN ITERATIVE DOCKING PROCESS (SEE LENTZEN ET AL AND MANUSCRIPT TO BE PUBLISHED)

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試料調製

試料状態イオン強度: 100 MM NACL, 5 MM MGCL2 / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: rDOCK / 開発者: DAVID MORLEY / 分類: 精密化
精密化手法: DOCKING, モデリング / ソフトェア番号: 1
詳細: THE COORDINATES OF THE PROTEIN, RNA AND THE ANTIBIOTIC WERE HELD RIGID DURING REFINEMENT. THE COORDINATES OF THE RIBOSOMAL L11 (CHAIN A) AND THE RNA (CHAIN C) WERE FROM PDB ENTRY 1MMS. THE ...詳細: THE COORDINATES OF THE PROTEIN, RNA AND THE ANTIBIOTIC WERE HELD RIGID DURING REFINEMENT. THE COORDINATES OF THE RIBOSOMAL L11 (CHAIN A) AND THE RNA (CHAIN C) WERE FROM PDB ENTRY 1MMS. THE COORDINATES OF THE ANTIBIOTIC THIOSTREPTON (CHAIN B) WERE FROM PDB ENTRY 1E9W. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND BEST OVERALL DOCKING SCORE
登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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