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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ojp | |||||||||
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タイトル | SPECIFICITY AND MECHANISM OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE: COMPLEX WITH 6-SULPHATED CHONDROITIN DISACCHARIDE | |||||||||
![]() | HYALURONATE LYASE | |||||||||
![]() | LYASE / PROTEIN-CARBOHYDRATE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / : / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rigden, D.J. / Jedrzejas, M.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Streptococcus Pneumoniae Hyaluronate Lyase in Complex with Chondroitin and Chondroitin Sulfate Disaccharides: Insights Into Specificity and Mechanism of Action 著者: Rigden, D.J. / Jedrzejas, M.J. #1: ![]() タイトル: Structural Basis of Hyaluronan Degradation by Streptococcus Pneumoniae Hyaluronate Lyase 著者: Li, S. / Kelly, S.J. / Lamani, E. / Ferraroni, M. / Jedrzejas, M.J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 829.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 844.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83561.938 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONATE LYASE, RESIDUES 285-1009 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 多糖 | 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SIX RESIDUE HIS TAG (RESIDUES A893-A898) WAS NOT SEEN IN THE DENSITY. THE SWISSPROT ENTRY ...THE SIX RESIDUE HIS TAG (RESIDUES A893-A898) WAS NOT SEEN IN THE DENSITY. THE SWISSPROT ENTRY INCLUDES REFERENCES | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: 3.5M AMMONIUM SULFATE, 200MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: OXFORD / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→64.49 Å / Num. obs: 63869 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 80.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1C82 解像度: 1.9→64.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2318724.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THERE IS NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES A892 AND BEYOND
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.5046 Å2 / ksol: 0.381576 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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