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- PDB-1ojl: Crystal structure of a sigma54-activator suggests the mechanism f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ojl
タイトルCrystal structure of a sigma54-activator suggests the mechanism for the conformational switch necessary for sigma54 binding
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
キーワードRESPONSE REGULATOR / TWO COMPONENT SYSTEM / AAA DOMAIN / NTRC FAMILY / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Homeodomain-like / CheY-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Transcriptional regulatory protein ZraR
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sallai, L. / Tucker, P.A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the central and C-terminal domain of the sigma(54)-activator ZraR.
著者: Sallai, L. / Tucker, P.A.
履歴
登録2003年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_radiation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
D: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
E: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
F: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,41412
ポリマ－202,4326
非ポリマー9826
水1,838102
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,00112
ポリマ－202,4326
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
手法PQS
2
D: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
E: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
F: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
ヘテロ分子

D: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
E: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
F: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,82612
ポリマ－202,4326
非ポリマー1,3946
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.440, 114.740, 187.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.01748, -0.72577, -0.68771), (0.67163, 0.51805, -0.52965), (0.74068, -0.45263, 0.49651)-29.60146, -15.92121, 15.51326
2given(-0.06139, -0.75914, 0.64802), (0.6834, -0.50516, -0.52704), (0.72746, 0.4105, 0.54981)32.20237, -33.45885, 34.52425
3given(-0.98746, 0.07013, -0.14141), (0.07173, 0.9974, -0.00623), (0.14061, -0.0163, -0.98993)-56.45045, 9.842, 7.73447
4given(-0.62958, -0.18706, 0.75408), (-0.05856, 0.97925, 0.19402), (-0.77473, 0.078, -0.62747)-2.86014, 7.12358, -22.07212
5given(0.35725, -0.08985, 0.92968), (-0.0573, 0.99138, 0.11784), (-0.93225, -0.09537, 0.34903)61.41856, 6.83556, 9.65586
6given(-0.49283, -0.08406, -0.86606), (-0.08795, 0.99504, -0.04653), (0.86567, 0.05324, -0.49778)38.60946, -1.93878, 70.81321
7given(0.5506, -0.12315, -0.82564), (0.04778, 0.99209, -0.11612), (0.8334, 0.02449, 0.55212)37.67504, 2.80946, 21.62971
8given(-0.98507, 0.09239, -0.14528), (0.09801, 0.99467, -0.03205), (0.14154, -0.04581, -0.98887)-56.31959, 10.99685, 7.55039
9given(-0.62393, -0.09184, 0.77606), (-0.02414, 0.99486, 0.09833), (-0.7811, 0.04261, -0.62294)0.02741, 7.44891, -22.632
10given(0.42684, -0.15815, 0.89039), (-0.04876, 0.97913, 0.19729), (-0.90301, -0.12762, 0.41022)58.81954, 10.16251, 12.08483
11given(-0.51139, -0.06681, -0.85675), (0.037, 0.99434, -0.09963), (0.85855, -0.08265, -0.50602)37.72173, 4.47624, 67.75424
12given(0.48458, -0.11637, -0.86697), (0.07403, 0.99301, -0.09192), (0.87161, -0.01964, 0.48981)36.74771, 2.98881, 22.723

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要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN ZRAR / HYDG / ZRAR / STM4174 / STMF1.27


分子量: 33738.598 Da / 分子数: 6
断片: ATPASE (AAA) AND DNA BINDING DOMAINS, RESIDUES 141-441
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL(RECEIVER) DOMAIN DELETED
由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P25852
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MEMBER OF THE TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM ZRAS/ZRAR. ACTIVATED BY ZRAS AND ACTS IN CONJUNCTION ...MEMBER OF THE TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM ZRAS/ZRAR. ACTIVATED BY ZRAS AND ACTS IN CONJUNCTION WITH SIGMA-54 TO REGULATE THE EXPRESSION OF ZRAP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, WELL:100MM HEPES PH8.2 9% ISOPROPANOL, 3% METHANOL, 200MM NACL PROTEIN: 10-12MG/ML ,20MM CHES PH9.5,2MM DTT ,0.1MM EDTA. DROP 1:0.6 PROTEIN:WELL, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.802
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 46186 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→20 Å / SU B: 22.041 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.505
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30833 2290 5 %RANDOM
Rwork0.25179 ---
obs0.25457 43710 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.68 Å20 Å20 Å2
2--14.59 Å20 Å2
3----7.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12436 0 56 102 12594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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