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万見
- PDB-1oi0: CRYSTAL STRUCTURE OF AF2198, A JAB1/MPN DOMAIN PROTEIN FROM ARCHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oi0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AF2198, A JAB1/MPN DOMAIN PROTEIN FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
要素HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
キーワードHYDROLASE / PROTEASOME / DEUBIQUITINATION / ARCHAEA
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
JAB domain, prokaryotic / Prokaryotic homologs of the JAB domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / MPN domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tran, H.J.T.T. / Allen, M.D. / Lowe, J. / Bycroft, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The Structure of the Jab1/Mpn Domain and its Implications for Proteasome Function
著者: Tran, H.J.T.T. / Allen, M.D. / Lowe, J. / Bycroft, M.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
B: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
C: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
D: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,97010
ポリマ－55,4644
非ポリマー5066
水5,008278
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0533
ポリマ－13,8661
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9312
ポリマ－13,8661
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9312
ポリマ－13,8661
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0533
ポリマ－13,8661
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.787, 87.081, 67.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL PROTEIN AF2198 / AF2198


分子量: 13865.925 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O28085
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ADDITIONAL RESIDUES NEEDED FOR CLONING/PROTEIN PURIFICATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 7.8
詳細: 100MM MGCL2, 100MM TRIS (PH 7.8), 11% PEG 4000, 5 MM DTT
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mg/mlprotein1drop
22 mMdithiothreitol1drop
310 mMTris-HCl1droppH7.0
411 %PEG40001reservoir
5100 mM1reservoirMgCl2
6100 mMTris-HCl1reservoirpH7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: RIGAKU
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 69516 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 78.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.6 % / Rmerge(I) obs: 0.338

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT BUILT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2954 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 59270 85.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.123 Å20 Å22.381 Å2
2--3.551 Å20 Å2
3---3.572 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 0 20 278 3679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.395
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.51 Å / Num. reflection Rwork: 53 / Total num. of bins used: 50
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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