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- PDB-1ogl: The crystal structure of native Trypanosoma cruzi dUTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ogl
タイトルThe crystal structure of native Trypanosoma cruzi dUTPase
要素DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / DUTPASE / TRYPANOSOMA CRUZI / NATIVE / DIMER
機能・相同性all-alpha NTP pyrophosphatase / Type II deoxyuridine triphosphatase / all-alpha NTP pyrophosphatases / Type II deoxyuridine triphosphatase / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Deoxyuridine triphosphatase
機能・相同性情報
生物種TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Harkiolaki, M. / Dodson, E.J. / Bernier-Villamor, V. / Turkenburg, J.P. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of Trypanosoma Cruzi Dutpase Reveals a Novel Dutp/Dudp Binding Fold
著者: Harkiolaki, M. / Dodson, E.J. / Bernier-Villamor, V. / Turkenburg, J.P. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1041
ポリマ－32,1041
非ポリマー00
水61334
1
A: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

A: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2092
ポリマ－64,2092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.434, 136.434, 68.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE / DUTPASE


分子量: 32104.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)
株: Y / プラスミド: PET-11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15923, dUTP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
解説: ADDITIONAL PHASE INFORMATION PROVIDED THROUGH MERCURYL DERIVATIVE
結晶化pH: 6.6
詳細: 15% PEG 2000 MME, 0.1 M LISO4, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.6
結晶化
*PLUS
温度: 290 K / pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Harkiolaki, M., (2001) Acta Cryst., D57, 915.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 %PEG2000 MME1reservoir
20.10 M1reservoirLiSO4
350 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.6
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9688
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→12 Å / Num. obs: 14827 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 88.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 12 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: LOW RESOLUTION MAD STRUCTURE

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.775 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 724 4.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 14099 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 0 34 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9412772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90634299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4275243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.22090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8561.51224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64821969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3693823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9314.5803
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.347 61
Rwork0.273 970
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.030.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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