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- PDB-1ofv: FLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS: REFINEMENT OF TWO FORMS OF TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ofv
タイトルFLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS: REFINEMENT OF TWO FORMS OF THE OXIDIZED PROTEIN
要素FLAVODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold ...Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Smith, W.W. / Pattridge, K.A. / Luschinsky, C.L. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Refined structures of oxidized flavodoxin from Anacystis nidulans.
著者: Drennan, C.L. / Pattridge, K.A. / Weber, C.H. / Metzger, A.L. / Hoover, D.M. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins / 年: 1991
タイトル: Structural Analysis of Fully Reduced A. Nidulans Flavodoxin
著者: Luschinsky, C.L. / Dunham, W.R. / Osborne, C. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L.
#2: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins / 年: 1987
タイトル: Sequence and Structure of Anacystis Nidulans Flavodoxin: Comparisons with Flavodoxins from Other Species
著者: Laudenbach, D.E. / Straus, N.A. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of Oxidized Flavodoxin from Anacystis Nidulans
著者: Smith, W.W. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L. / Petsko, G.A. / Tsernoglou, D. / Tanaka, M. / Yasunobu, K.T.
履歴
登録1992年6月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON DSSP OUTPUT (KABSCH AND SANDER, 1983) WITH ...HELIX ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON DSSP OUTPUT (KABSCH AND SANDER, 1983) WITH THE FOLLOWING EXCEPTIONS: HELICES START WITH THE FIRST RESIDUE HAVING ONE HELICAL HYDROGEN BOND; SUCCESSIVE 3-10 TURNS ARE GIVEN PRIORITY OVER SHORT 3-10 HELICES. TWO SHORT ANTIPARALLEL HAIRPINS OCCUR IN THIS FLAVODOXIN AND TWO HELICES END WITH COMBINATIONS OF 4- AND 2-RESIDUE TURNS, SO-CALLED PAPERCLIPS.
Remark 700SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE ...SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. STRANDS 1, 2, 3, AND 4 OF B1 AND B2 ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1132
ポリマ－18,6561
非ポリマー4561
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.080, 69.240, 45.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN


分子量: 18656.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 6301 / 参照: UniProt: P10340
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE FOLLOWING ARE NOT STANDARD TURNS: TURN 1 GLN 22 GLY 27 4 RESIDUE TURN TURN 5 TRP 57 GLU 61 3 ...THE FOLLOWING ARE NOT STANDARD TURNS: TURN 1 GLN 22 GLY 27 4 RESIDUE TURN TURN 5 TRP 57 GLU 61 3 RES TURN IN 56-62 HAIRPIN TURN 7 ASP 90 TYR 94 3 RESIDUE TURN TURN 13 ASP 144 GLN 148 3 RESIDUE TURN TURN 16 LYS 164 LEU 169 4 RESIDUE TURN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.19 20059
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1318 0 31 89 1438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.035
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.1241
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.7631.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7511
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9291.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2060.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1810.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1760.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2230.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.7631.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1.7511
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2.9291.5
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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