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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ofu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SulA:FtsZ from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 |
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キーワード | BACTERIAL CELL DIVISION INHIBITOR / FTSZ / SULA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast fission / negative regulation of cell division / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / SOS response / protein polymerization / cell division / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Cordell, S.C. / Robinson, E.J.H. / Lowe, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of the SOS Cell Division Inhibitor Sula and in Complex with Ftsz 著者: Cordell, S.C. / Robinson, E.J.H. / Lowe, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ofu.cif.gz | 175.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ofu.ent.gz | 140.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ofu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ofu_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ofu_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ofu_validation.xml.gz | 38.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ofu_validation.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33146.961 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LAST 75 RESIDUES REMOVED FROM C-TERMINUS / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P47204 #2: タンパク質 | 分子量: 13023.056 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 43-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FIRST 42 RESIDUES REMOVED FROM N-TERMINUS / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZJ8 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 60044 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MAD MODEL FROM C2 CRYSTAL FORM 解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.11 Å / Total num. of bins used: 50
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.255 / Rfactor Rwork: 0.216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.405 / Rfactor Rwork: 0.354 |