[日本語] English
万見
- PDB-1ofc: nucleosome recognition module of ISWI ATPase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ofc
タイトルnucleosome recognition module of ISWI ATPase
要素ISWI PROTEIN
キーワードNUCLEAR PROTEIN / CHROMATIN REMODELING FACTOR / ISWI / ATPASE / SANT DOMAIN / NUCLEOSOME RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


ISWI-type complex / nuclear speck organization / : / : / sperm DNA decondensation / RSF complex / ACF complex / ecdysone receptor signaling pathway / chromatin organization => GO:0006325 / chromatin remodeling => GO:0006338 ...ISWI-type complex / nuclear speck organization / : / : / sperm DNA decondensation / RSF complex / ACF complex / ecdysone receptor signaling pathway / chromatin organization => GO:0006325 / chromatin remodeling => GO:0006338 / CHRAC / ATP-dependent chromatin remodeler activity => GO:0140658 / sperm DNA condensation / polytene chromosome / NURF complex / transcription factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosome binding / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / nucleosome assembly / chromatin organization / spermatogenesis / transcription regulator complex / chromatin remodeling / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / ISWI, HAND domain / iswi atpase / DBINO domain / DNA-binding domain / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE ...: / ISWI, HAND domain / iswi atpase / DBINO domain / DNA-binding domain / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / SANT domain profile. / SANT domain / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-deoxy-alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Chromatin-remodeling complex ATPase chain Iswi
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Grune, T. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure and Functional Analysis of a Nucleosome Recognition Module of the Remodeling Factor Iswi
著者: Grune, T. / Brzeski, J. / Eberharter, A. / Clapier, C.R. / Corona, D.F.V. / Becker, P.B. / Muller, C.W.
履歴
登録2003年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: ISWI PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3224
ポリマ－35,8861
非ポリマー4363
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.470, 66.340, 82.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-2002-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ISWI PROTEIN / IMITATION SWI PROTEIN / NUCLEOSOME REMODELING FACTOR 140 KDA SUBUNIT / NURF-140 / CHRAC 140 KDA SUBUNIT


分子量: 35885.770 Da / 分子数: 1
断片: NUCLEOSOME RECOGNITION MODULE (C-TERMINAL THIRD) RESIDUES 691-991
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: HTB-C2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24368
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-G4D / 4-deoxy-alpha-D-glucopyranose / 4-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOSE / 4-deoxy-D-glucose / 4-deoxy-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
a-D-4-deoxy-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 691-991 PLUS THREE ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINUS (GAM)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 % / 解説: MERGING R IS R_MEASURED (MULTIPLICITY INDEPENDENT)
結晶化pH: 7
詳細: 1MUL PROTEIN AT 60MG/ML IN 20MM HEPES, 0.5M NACL, PH 7, WAS MIXED WITH 4MUL, 0.125M HEPES PH 7.0, 5% PEG 6000 RESERVOIR 0.1M HEPES, 4% PEG 6000, 0.1M NACL CRYSTALS GROWTH INDUCED BY MICRO SEEDING
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 %PEG60001reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.0
350 mMTris-Cl1droppH7.6
4100 mM1dropNaCl
550 %glycerol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939281
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939281 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 38275 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19 Å / Num. measured all: 141793 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 99.1 % / Num. unique obs: 5452 / Num. measured obs: 20046 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→18.8 Å / SU B: 3.413 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25344 1876 4.9 %RANDOM
Rwork0.21775 ---
obs0.21946 36396 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.45 Å20 Å2-2.99 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 29 48 2255
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19 Å / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.701

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る