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万見
- PDB-1of5: Crystal structure of Mex67-Mtr2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1of5
タイトルCrystal structure of Mex67-Mtr2
要素
  • MRNA EXPORT FACTOR MEX67
  • MRNA TRANSPORT REGULATOR MTR2
キーワードNUCLEAR TRANSPORT / TRANSPORT / MRNA TRANSPORT / NUCLEAR PROTEIN / LEUCINE- RICH REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus ...nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / tRNA binding / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor ...Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / mRNA transport regulator MTR2 / mRNA export factor MEX67
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fribourg, S. / Conti, E.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2003
タイトル: Structural similarity in the absence of sequence homology of the messenger RNA export factors Mtr2 and p15.
著者: Fribourg, S. / Conti, E.
履歴
登録2003年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_radiation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MRNA EXPORT FACTOR MEX67
B: MRNA TRANSPORT REGULATOR MTR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9203
ポリマ－45,7192
非ポリマー2011
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.820, 83.712, 85.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MRNA EXPORT FACTOR MEX67 / MEX67 / YPL169C / P2520


分子量: 24916.484 Da / 分子数: 1 / 断片: NTF2-LIKE DOMAIN, RESIDUES 268-484 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99257
#2: タンパク質 MRNA TRANSPORT REGULATOR MTR2 / MTR2 / YKL186C


分子量: 20802.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P34232
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MEX67 INVOLVED IN THE EXPORT OF MRNA FROM THE NUCLEUS TO THE CYTOPLASM. MTR2 AFFECTS MRNA TRANSPORT ...MEX67 INVOLVED IN THE EXPORT OF MRNA FROM THE NUCLEUS TO THE CYTOPLASM. MTR2 AFFECTS MRNA TRANSPORT FROM THE NUCLEUS TO THE CYTOPLASM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.64 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 100MM HEPES PH7.5, PEG 3000 20%, 0.2M CALCIUM ACETATE, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG30001reservoir
2200 mMcalcium acetate1reservoir
3100 mMHEPES1reservoirpH7.5
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 9718 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 -5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 9718 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.211 Å20 Å20 Å2
2---5.818 Å20 Å2
3----9.393 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 1 3 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008974
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51263
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ION.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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