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- PDB-1oe9: Crystal structure of Myosin V motor with essential light chain-nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oe9
タイトルCrystal structure of Myosin V motor with essential light chain-nucleotide-free
要素
  • MYOSIN LIGHT CHAIN 1, SLOW-TWITCH MUSCLE A ISOFORM
  • MYOSIN VA
キーワードATPASE/MYOSIN / ATPASE-MYOSIN COMPLEX / UNCONVENTIONAL MYOSIN / MYOSIN V / CHICKEN / MOLECULAR MOTOR / ATPASE / ELC / IQ MOTIF / MUSCLE PROTEIN / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end directed microfilament motor activity / insulin-responsive compartment / unconventional myosin complex / muscle myosin complex / muscle filament sliding / myosin complex / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / filamentous actin ...minus-end directed microfilament motor activity / insulin-responsive compartment / unconventional myosin complex / muscle myosin complex / muscle filament sliding / myosin complex / myosin II complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / filamentous actin / cytoskeletal motor activity / Smooth Muscle Contraction / skeletal muscle tissue development / vesicle-mediated transport / muscle contraction / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / cellular response to insulin stimulus / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / calmodulin binding / Golgi membrane / calcium ion binding / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myosin 5a, cargo-binding domain / : / Unconventional myosin-Va domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like ...Myosin 5a, cargo-binding domain / : / Unconventional myosin-Va domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin motor domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain 6B / Unconventional myosin-Va
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Coureux, P.-D. / Wells, A.L. / Menetrey, J. / Yengo, C.M. / Morris, C.A. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: A Structural State of the Myosin V Motor without Bound Nucleotide
著者: Coureux, P.-D. / Wells, A.L. / Menetrey, J. / Yengo, C.M. / Morris, C.A. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.
履歴
登録2003年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN VA
B: MYOSIN LIGHT CHAIN 1, SLOW-TWITCH MUSCLE A ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7943
ポリマ－108,6972
非ポリマー961
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.933, 98.247, 111.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOSIN VA / MYOSIN 5A / DILUTE MYOSIN HEAVY CHAIN / NON-MUSCLE / MYOSIN HEAVY CHAIN P190 / MYOSIN-V


分子量: 91607.172 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 1-792 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02440
#2: タンパク質 MYOSIN LIGHT CHAIN 1, SLOW-TWITCH MUSCLE A ISOFORM / MLC1SA


分子量: 17090.277 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 59-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14649
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MYOSIN VA: PROCESSIVE ACTIN-BASED MOTOR THAT CAN MOVE IN LARGE STEPS. POSSIBLY INVOLVED IN ...MYOSIN VA: PROCESSIVE ACTIN-BASED MOTOR THAT CAN MOVE IN LARGE STEPS. POSSIBLY INVOLVED IN MELANOSOME TRANSPORT. USUALLYASSOCIATED WITH MYOSIN LIGHT-CHAINS. MYOSIN LIGHT-CHAIN: THIS PROTEIN IS SIMILAR TO OTHER EF-HAND CALCIUM-BINDING PROTEINS BUT DOES NOT BIND CALCIUM.
配列の詳細THE LAST THREE RESIDUES AT THE C-TERMINUS FOR CHAIN A DERIVE FROM THE EXPRESSION VECTOR USED IN THE ...THE LAST THREE RESIDUES AT THE C-TERMINUS FOR CHAIN A DERIVE FROM THE EXPRESSION VECTOR USED IN THE EXPERIMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 6% PEG8000 (W/V), 50MM MOPS PH 6.5, 2MM DTT, 2MM NAN3
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 %PEG80001reservoir
250 mMMOPS1reservoirpH6.5
32 mMdithiothreitol1reservoir
42 mM1reservoirNaN3
58 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器日付: 2002年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 69115 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 88.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.335

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MYS

2mys


解像度: 2.05→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.969 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED.DISORDERED SIDE-CHAINS WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3474 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 65624 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20.22 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6919 0 5 333 7257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.959557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.791314860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3885860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.27596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.24141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8231.54327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50926928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06732750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4164.52624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 218
Rwork0.282 4338
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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