PDB-1odu: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOTOGA MARITIMA ALPHA-FUCOSIDASE IN COMP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1odu

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOTOGA MARITIMA ALPHA-FUCOSIDASE IN COMPLEX WITH FUCOSE

要素

PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / ALPHA-L-FUCOSIDASE / PRODUCT COMPLEX / THERMOSTABLE

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sulzenbacher, G. / Bignon, C. / Bourne, Y. / Henrissat, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Thermotoga Maritima {Alpha}-L-Fucosidase: Insights Into the Catalytic Mechanism and the Molecular Basis for Fucosidosis
著者: Sulzenbacher, G. / Bignon, C. / Nishimura, T. / Tarling, C. / Withers, S. / Henrissat, B. / Bourne, Y.

履歴

登録	2003年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1odu.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1odu.ent.gz	145.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1odu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1odu_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1odu_full_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示
XML形式データ	1odu_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	1odu_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1odu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1odu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hl8SC 1hl9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zxa-1 1hl9-1 2zwy-1 2zx7-1 1hl8-1 2zxd-1 2zx6-1 4910 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

ヘテロ分子

A: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

ヘテロ分子

A: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

B: PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
315 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.080, 179.080, 174.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.70016, -0.71398, -0.00014), (-0.7138, 0.69999, -0.02232), (0.01604, -0.01553, -0.99975)
ベクター: 0.17581, 1.3543, 90.02791)

詳細

BETWEEN THE ISOLATED CHAINS AND THAT FOR THE CHAINSIN THE COMPLEX IS IN AVERAGE 2464 (+/- 52) ANGSTROM**2.

#1: タンパク質

PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE

分子量: 52272.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ORF TM0306
由来: (組換発現)

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WYE2, alpha-L-fucosidase

#2: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

構成要素の詳細

ALPHA-L-FUCOSIDASE BELONGS TO GLYCOSYL HYDROLASASE FAMILY 29. THE ENZYME PERFORMS CATALYSIS WITH ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %

結晶化

pH: 8
詳細: 18% PEG600, 5% JEFFAMINE M-600, 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, PROTEIN CONCENTRATION 5 MG/ML FUCOSE WAS INTRODUCED BY SHORT SOAKING OF A NATIVE

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5.0 mg/ml	protein	1	drop
2	18 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
3	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.0
4	5 %	Jeffamine M-600	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→57.7 Å / Num. obs: 24598 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 100.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.1
反射	PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 57 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. measured all: 99148 / R_merge(I) obs*: 0.056
反射シェル	PLUS % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs*: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE, PDB ENTRY 1HL8

1hl8

解像度: 2.8→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 14.034 / SU ML: 0.274 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOLVENT NO WATER MOLECULES HAVE BEEN ADDED GIVEN THE MODEST RESOLUTION AND THE HIGH OVERALL DISORDER OF THE STRUCTURE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1848	7.1 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	24054	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.32 Å²	-1.16 Å²	0 Å²
2-	-	-2.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7004	0	22	0	7026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	7252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	6321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.987	1.939	9847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.757	3	14708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.968	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	6925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.091	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.304	1.5	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.573	2	6759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.567	3	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.989	4.5	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.354	128
R_work	0.31	1762

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7256	0.0243	0.0422	1.3789	0.1119	1.4	0.0541	-0.2156	0.168	0.0798	-0.0189	0.0394	-0.2025	-0.2155	-0.0351	0.1216	0.0442	0.0394	0.1839	-0.0159	0.0182	-22.5034	14.9584	65.4293
2	8.6439	0.688	-0.317	3.5264	-1.422	4.7107	-0.0486	0.7397	0.4959	-0.552	0.4277	0.3204	-0.0453	-0.6754	-0.3791	0.2983	0.195	0.0014	0.4827	0.2176	0.4057	-52.1578	25.0926	46.0867
3	2.3161	0.2268	0.0836	1.9157	-0.1354	1.2896	-0.0699	0.1747	0.6541	-0.0624	0.0576	0.0001	-0.214	-0.0216	0.0122	0.1157	-0.0111	0.0089	0.0854	0.0748	0.1395	5.1749	26.5372	23.9128
4	2.8802	-0.4116	-0.1688	1.5464	-0.6393	5.736	-0.0566	-0.5713	0.8054	0.7406	0.1481	-0.0357	-0.5406	0.3907	-0.0915	0.6402	-0.0158	-0.1429	0.2486	-0.3478	1.1834	18.7309	55.2161	42.8062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	361 - 447
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	7 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	361 - 447

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.23 / R_factor R_work: 0.2011

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	0.99

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関連情報:EMDBヘッダ

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