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- PDB-1odb: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN S100A12 - COPPER COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1odb
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN S100A12 - COPPER COMPLEX
要素CALGRANULIN C
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / METAL-BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN / S100 PROTEIN / EF-HAND / CALCIUM BINDING / HOST-PARASITE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


mast cell activation / RAGE receptor binding / positive regulation of MAP kinase activity / monocyte chemotaxis / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / defense response to fungus / endothelial cell migration / neutrophil chemotaxis / xenobiotic metabolic process ...mast cell activation / RAGE receptor binding / positive regulation of MAP kinase activity / monocyte chemotaxis / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / defense response to fungus / endothelial cell migration / neutrophil chemotaxis / xenobiotic metabolic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / calcium-dependent protein binding / secretory granule lumen / killing of cells of another organism / cytoskeleton / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / copper ion binding / innate immune response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Protein S100-A12
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Grist, S.J. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Lukanidin, E.M. / Bronstein, I.B.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of the Human S100A12-Copper Complex: Implications for Host-Parasite Defence
著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Grist, S.J. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Lukanidin, E.M. / Bronstein, I.B.
履歴
登録2003年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALGRANULIN C
B: CALGRANULIN C
C: CALGRANULIN C
D: CALGRANULIN C
E: CALGRANULIN C
F: CALGRANULIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,62124
ポリマ－64,7596
非ポリマー86218
水6,666370
1
C: CALGRANULIN C
D: CALGRANULIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8748
ポリマ－21,5862
非ポリマー2876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-101.94 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
2
E: CALGRANULIN C
F: CALGRANULIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8748
ポリマ－21,5862
非ポリマー2876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-101.05 kcal/mol
Surface area9020 Å2
手法PISA
3
A: CALGRANULIN C
B: CALGRANULIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8748
ポリマ－21,5862
非ポリマー2876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-96.53 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.569, 118.957, 90.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
CALGRANULIN C / S100A12 / CAGC / P6 / CGRP / NEUTROPHIL S100 PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN IN AMNIOTIC FLUID 1 / CAAF1


分子量: 10793.212 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CA2+ AND CU2+ BOUND FORM / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: GRANULOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80511
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN HOST_PARASITE RESPONSE AGAINST ONCHOCERCA VOLVULUS AND BRUGIA MALAYI. EXISTS AS A ...INVOLVED IN HOST_PARASITE RESPONSE AGAINST ONCHOCERCA VOLVULUS AND BRUGIA MALAYI. EXISTS AS A DIMERIC AND IS MAINLY FOUND IN NEUTROPHILS.MEMBER OF THE S-100 FAMILY CONTAINING 2 EF-HAND CALCIUM-BINDING DOMAINS.
配列の詳細RECLONING RESULTED IN ADDITIONAL MGGS CODONS AT N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5-7% PEG 5K MME, 250MM NACL, 5MM CACL2,1MM CUCL2,0.1M NA-CACODYLATE PH 6.5; HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION + SEEDING

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.373
検出器日付: 2002年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→25 Å / Num. obs: 39556 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8A

1e8a


解像度: 2.19→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.359 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1983 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 37532 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.38 Å20 Å20 Å2
2--3.25 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4192 0 18 370 4580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.9275767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99938747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6365539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.24310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.249
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5131.52675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95924254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7231593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8284.51513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.306 136
Rwork0.249 2556
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3756-0.1605-1.31770.83550.30045.007-0.12330.11730.58030.02530.14520.1039-0.3969-0.1792-0.02180.1424-0.0162-0.04750.03390.07160.152451.470842.02925.0321
25.0017-0.9083-2.96011.33061.07536.2582-0.25610.3981-0.51770.14480.04880.1520.5241-0.04920.20720.1463-0.0727-0.03540.12660.00270.1262.163529.051313.7708
36.3742-1.88783.60971.9573-2.52833.38790.13720.9591-0.3424-0.1927-0.2078-0.14890.34780.7010.07060.1218-0.05920.04770.3207-0.06640.097295.153627.694416.6477
44.8519-2.08111.99732.9175-2.7723.6333-0.17850.16560.67870.24-0.034-0.1767-0.53130.13440.21260.1783-0.12160.00680.14170.03380.125783.406543.676714.6206
54.24041.45470.53884.548-0.40144.3036-0.0429-0.1125-0.19090.05780.00880.2584-0.0984-0.26140.03410.1243-0.0506-0.01440.03020.03110.087788.404923.415240.7055
65.38233.2198-0.65926.0445-1.21591.2803-0.0151-0.1068-1.7211-0.3364-0.1426-0.43880.48710.12430.15760.3147-0.04750.01890.1474-0.00610.626986.66763.828337.8409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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