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- PDB-1od9: N-terminal of Sialoadhesin in complex with Me-a-9-N-benzoyl-amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1od9
タイトルN-terminal of Sialoadhesin in complex with Me-a-9-N-benzoyl-amino-9-deoxy-Neu5Ac (BENZ compound)
要素SIALOADHESIN
キーワードLECTIN/IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / CARBOHYDRATE BINDING / SIGLEC / INHIBITOR DESIGN / LECTIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell apoptotic process / virion binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / late endosome / carbohydrate binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / early endosome / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BND / Sialoadhesin
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Maenaka, K. / Maenaka, T. / Crocker, P.R. / Brossmer, R. / Kelm, S. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structure-Guided Design of Sialic Acid-Based Siglec Inhibitors and Crystallographic Analysis in Complex with Sialoadhesin
著者: Zaccai, N.R. / Maenaka, K. / Maenaka, T. / Crocker, P.R. / Brossmer, R. / Kelm, S. / Jones, E.Y.
履歴
登録2003年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIALOADHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8423
ポリマ－13,3191
非ポリマー5222
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.860, 67.860, 69.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 SIALOADHESIN / SND1 / SIALIC ACID BINDING IG-LIKE LECTIN-1 / SIGLEC-1


分子量: 13319.107 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN ONE, IG-LIKE V-TYPE DOMAIN, RESIDUES 20-138 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BOUND TO ME-A-N-BENZOYL-AMINO-9-DEOXY-NEU5AC, COORDINATE SYSTEM ORIGX ORIGX MATRIX (M) ORIGX VECTOR (V)
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: CHO CELL STABLE EXPRESSION WITH PEE14 PLASMID / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO CELL
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q62230
#2: 糖 ChemComp-BND / methyl 5-acetamido-3,5,9-trideoxy-9-[(phenylcarbonyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / ME-A-N-BENZOYL-AMINO-9-DEOXY-NEU5AC / methyl 5-acetamido-3,5,9-trideoxy-9-[(phenylcarbonyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 5-acetamido-3,5,9-trideoxy-9-[(phenylcarbonyl)amino]-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 5-acetamido-3,5,9-trideoxy-9-[(phenylcarbonyl)amino]-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 426.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N2O9
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS IS A MACROPHAGE-RESTRICTED ADHESION MOLECULE THAT MEDIATES SIALIC-ACID DEPENDENT BINDING TO ...THIS IS A MACROPHAGE-RESTRICTED ADHESION MOLECULE THAT MEDIATES SIALIC-ACID DEPENDENT BINDING TO LYMPHOCYTES, OTHER EFFECTORS INCLUDE GRANULOCYTES, MONOCYTES, NATURAL KILLER CELLS AND B-CELLS MEMBER OF THE IMMUNOGLOBULINS SUPERFAMILY CONTAINING IG- AND V-TYPE DOMAINS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 1+1 DROP WITH 22.5 % (W/V) PEG 4000, 10 MM DTT, 0.18M AMMONIUM SULFATE, 0.09M SODIUM ACETATE PH 4.6,25MM BENZ COMPOUND
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mMBENZ1drop
210 mg/mlprotein1drop
310 mMHEPES1droppH7.5
410 mMdithiothreitol1drop
50.18 Mammonium sulfate1reservoir
60.09 Msodium acetate1reservoirpH4.6
722.5 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 9849 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 116504 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DOMAIN A OF PDB ENTRY 1QFO

1qfo


解像度: 2.1→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 254519.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 512 5.3 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 9667 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.8331 Å2 / ksol: 0.345172 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.64 Å20 Å20 Å2
2---2.64 Å20 Å2
3---5.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数928 0 35 71 1034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.581
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.31
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.821.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 81 5.5 %
Rwork0.284 1384 -
obs--90.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BENZYL2.PARAMBENZYL2.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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