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万見
- PDB-1oc3: HUMAN PEROXIREDOXIN 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oc3
タイトルHUMAN PEROXIREDOXIN 5
要素PEROXIREDOXIN 5
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIOXIDANT ENZYME / PEROXIREDOXIN / THIOREDOXIN PEROXIDASE / THIOREDOXIN FOLD / PEROXISOME / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / peroxisomal matrix / positive regulation of collagen biosynthetic process / cell redox homeostasis / cellular response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / peroxisome / response to oxidative stress / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / mitochondrial matrix / inflammatory response / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Peroxiredoxin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Evrard, C. / Declercq, J.-P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of a Dimeric Oxidized Form of Human Peroxiredoxin 5
著者: Evrard, C. / Capron, A. / Marchand, C. / Clippe, A. / Wattiez, R. / Soumillion, P. / Knoops, B. / Declercq, J.-P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Human Peroxiredoxin 5, a Novel Type of Mammalian Peroxiredoxin at 1.5 A Resolution
著者: Declercq, J.P. / Evrard, C. / Clippe, A. / Stricht, D.V. / Bernard, A. / Knoops, B.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: A Twinned Monoclinic Crystal Form of Human Peroxiredoxin 5 with Eight Molecules in the Asymmetric Unit
著者: Declercq, J.P. / Evrard, C.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Cloning and Characterization of Aoeb166, a Novel Mammalian Antioxidant Enzyme of the Peroxiredoxin Family
著者: Knoops, B. / Clippe, A. / Bogard, C. / Arsalane, K. / Wattiez, R. / Hermans, C. / Duconseille, E. / Falmagne, P. / Bernard, A.
履歴
登録2003年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIREDOXIN 5
B: PEROXIREDOXIN 5
C: PEROXIREDOXIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8265
ポリマ－54,5823
非ポリマー2442
水1,11762
1
A: PEROXIREDOXIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3162
ポリマ－18,1941
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PEROXIREDOXIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3162
ポリマ－18,1941
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PEROXIREDOXIN 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1941
ポリマ－18,1941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.195, 102.053, 145.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.2175, -0.9758, -0.0243), (0.9756, -0.2181, 0.0243), (-0.029, -0.0184, 0.9994)27.5035, 19.0982, 42.4959
2given(0.2436, -0.9699, 0.0053), (0.9699, 0.2436, 0.0004), (-0.0016, 0.0051, 1)26.5877, -20.1892, 30.4133

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要素

#1: タンパク質 PEROXIREDOXIN 5 / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN PEROXIDASE ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 / ANTIOXIDANT ENZYME B166 / AOEB166 / TPX TYPE VI / LIVER TISSUE 2D-PAGE SPOT 71B / ALU CO-REPRESSOR 1 / SBBI10


分子量: 18193.850 Da / 分子数: 3 / 断片: PEROXIREDOXIN 5, RESIDUES 54-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細REDUCES HYDROGEN PEROXIDE AND HYDROPEROXIDES WITH REDUCING EQUIVALENTS USING THE THIOREDOXIN SYSTEM.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 5.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 3350, 0.1 M SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.3, 1 MM DTT, 0.02 % (W/V) SODIUM AZIDE
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 5.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %(w/v)PEG33501reservoir
20.1 Msodium cirtate1reservoirpH5.3
31 mM1,4-dithio-DL-threitol1reservoir
40.02 %(w/v)sodium azide1reservoir
510 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8441
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月1日 / 詳細: PREMIRROR, BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8441 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 38821 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 164737 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / % possible obs: 95.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HD2

1hd2


解像度: 2→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.139 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1933 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 36850 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8 Å20 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3----3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3576 0 18 62 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.9854944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90138034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9633481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.81615655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.3766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.33341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.5218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0960.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3970.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.380
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.52396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55423825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73931261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5044.51119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.355 127
Rwork0.286 2654
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.14110.1133-0.97421.4356-0.4161.82170.14890.2075-0.0332-0.0785-0.0863-0.1409-0.17960.1513-0.06260.151-0.00450.02690.1153-0.01840.121312.1257.57526.519
21.193-0.28950.47792.8155-1.43812.7399-0.04580.12120.1268-0.3370.00920.01650.0806-0.06070.03660.0456-0.0557-0.03890.21160.04680.201716.75829.88668.488
32.0896-0.94570.5713.424-2.59172.8394-0.13560.05040.30520.28-0.0715-0.2475-0.53550.17060.20710.0931-0.03-0.020.23470.00750.195122.424-6.29857.043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 161
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 161
4X-RAY DIFFRACTION2B201
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 161
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.355 / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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