PDB-1obn: ISOPENICILLIN N SYNTHASE aminoadipoyl-cysteinyl-aminobutyrate-FE-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1obn

タイトル

ISOPENICILLIN N SYNTHASE aminoadipoyl-cysteinyl-aminobutyrate-FE-NO COMPLEX

要素

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / B-LACTAM ANTIBIOTIC / OXYGENASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Long, A.J. / Clifton, I.J. / Roach, P.L. / Baldwin, J.E. / Schofield, C.J. / Rutledge, P.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Structural Studies on the Reaction of Isopenicillin N Synthase with the Substrate Analogue Delta-(L-Alpha-Aminoadipoyl)-L-Cysteinyl-D-Alpha-Aminobutyrate.
著者: Long, A.J. / Clifton, I.J. / Roach, P.L. / Baldwin, J.E. / Schofield, C.J. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2003年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年10月24日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_strain
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.6	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1obn.cif.gz	88.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1obn.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1obn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1obn_validation.pdf.gz	707.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1obn_full_validation.pdf.gz	709.1 KB	表示
XML形式データ	1obn_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	1obn_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1oc1C 1blzS 1bk0 1hb1 1hb2 1hb3 1hb4 1ips 1qiq 1qje 1qjf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hb2-d 2ivi-d 1w04-d 2bu9-d 1w3x-d 2ve1-d 2vcm-d 2ivj-d 2jb4-d 1odn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.750, 71.350, 101.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ISOPENICILLIN N SYNTHETASE / ISOPENICILLIN N SYNTHASE 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物	ChemComp-ASV / DELTA-(L-ALPHA-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VINYLGLYCINE / (R)-2-[[N-[(S)-5-アミノ-5-カルボキシペンタノイル]-L-システイニル]アミノ]-3-ブテン酸分子量: 347.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE / ヒドロキシルアミン分子量: 33.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃NO
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %

結晶化

pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Roach, P.L., (1996) Eur. J. Biochem., 242, 736.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	1.8 M	lithium sulfate	1	reservoir
2	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.826
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.826 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→19.3 Å / Num. obs: 76397 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.29→1.36 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 78.7
反射	PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 19.55 Å / Num. obs: 73254 / Num. measured all: 244112 / R_merge(I) obs*: 0.065
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.3 Å / % possible obs: 88.1 % / Num. unique obs: 9493 / Num. measured obs: 22973 / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs*: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1BLZ

1blz

解像度: 1.3→58.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.177 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	2914	4 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.167	70330	87.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→58.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2645	0	31	255	2931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.974	1.944	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.703	3	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.601	15	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.3	516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.3	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.134	0.3	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.3	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.096	0.5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.934	1.5	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.314	2	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.085	3	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.747	4.5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.24	164
R_work	0.21	4322

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.6523	-16.2495	-8.6794	25.5504	14.8357	10.4857	-0.1893	0.0965	-0.1991	0.0198	-0.3926	1.0186	-0.1472	-0.6455	0.582	0.1019	0.0182	-0.0487	0.1686	-0.0153	0.1407	-4.0452	37.7885	-10.3546
2	6.7474	1.6443	-2.5732	4.5562	-2.8016	9.8901	-0.3671	0.2382	-0.2894	-0.4423	0.1284	-0.2754	0.7772	0.1208	0.2387	0.1431	-0.023	0.0217	0.0942	-0.0136	0.0762	10.9692	25.1165	-20.9075
3	2.9581	-1.5836	-0.7987	3.8911	1.88	5.5483	-0.0716	0.1673	-0.0817	-0.0082	0.0104	0.0599	0.1918	-0.1383	0.0612	0.0618	-0.0115	-0.0098	0.0977	0.0304	0.0341	7.5725	33.9243	-21.6491
4	1.8809	-0.8141	-0.9012	4.2625	-0.649	2.0466	0.0485	0.0637	0.1572	-0.2514	-0.0236	0.3025	-0.126	-0.1549	-0.025	0.0648	0.0107	-0.0319	0.0936	0.0108	0.0515	3.3383	36.8112	-12.3995
5	0.8592	-0.2536	1.7303	1.3747	-0.295	5.6104	0.0042	-0.0331	-0.0895	0.0068	-0.0469	0.0435	0.0784	-0.0196	0.0427	0.0388	-0.0088	-0.0008	0.0472	0.0041	0.0513	5.3887	19.8622	-0.1841
6	3.7789	2.0098	7.3265	2.5193	5.1163	18.9698	0.0702	-0.2904	-0.1584	0.2917	-0.017	0.1142	0.1852	-0.5895	-0.0532	0.1043	0.0053	0.0091	0.0897	0.0128	0.0677	6.9224	23.1357	16.2398
7	5.5952	0.88	0.4132	4.949	0.3813	4.3278	0.04	0.0692	-0.0439	0.0668	-0.0221	-0.1165	-0.0227	0.1038	-0.0179	0.0452	0.0147	-0.0093	0.0881	-0.0127	0.0194	16.6025	32.5038	19.8919
8	-0.0497	-0.2026	-0.6928	1.3521	-0.9698	6.252	-0.0047	-0.1076	0.133	0.1372	0.0446	-0.0953	-0.3029	0.6433	-0.0399	0.0635	-0.0118	-0.0046	0.1391	-0.0292	0.0875	21.6519	34.4256	16.3748
9	7.1173	-2.461	-1.9968	1.5396	1.65	3.5158	-0.0369	-0.4434	0.1666	0.042	0.004	0.0546	-0.2186	-0.0017	0.0329	0.0789	0.0153	-0.0155	0.0872	-0.0205	0.0645	6.5919	37.0748	18.6986
10	3.7684	-0.0872	-2.0173	0.5593	0.3412	1.5715	-0.011	-0.216	0.0188	0.0269	0.0159	-0.0988	0.0188	0.1083	-0.0048	0.0336	0.0104	-0.0158	0.0535	0.0023	0.027	21.6617	27.3668	6.3756
11	9.2762	-4.9899	0.5345	8.574	0.3017	2.4905	-0.0252	-0.2748	0.3523	0.0082	0.0867	-0.4703	-0.0296	0.0615	-0.0615	0.038	-0.0052	-0.0181	0.0997	-0.0212	0.078	32.8339	32.6298	5.5295
12	4.6702	3.4508	-1.9604	3.9398	-1.2788	2.5734	0.1539	-0.3659	-0.1667	0.3302	-0.2259	-0.0233	0.1272	0.1676	0.072	0.0756	0.0106	-0.0046	0.0927	0.0071	0.0545	20.1825	23.0393	13.3361
13	0.9855	-0.4095	0.6804	3.3445	-2.646	6.6475	-0.0124	-0.0456	-0.1499	0.1146	0.0006	0.0245	0.2438	0.0092	0.0118	0.0546	-0.0023	0.0041	0.0398	0.0025	0.0482	14.2343	18.5282	7.0598
14	0.9222	-1.1613	1.4821	1.6384	-1.6169	4.0562	-0.0043	0.0771	-0.0526	-0.1132	0.0031	-0.0228	0.1255	0.0139	0.0012	0.0329	-0.0016	0.0032	0.0481	0.0019	0.0289	15.5171	25.9566	-6.4434
15	2.2091	0.7445	-1.2987	2.7763	-1.3643	7.8833	-0.0481	-0.0059	0.0197	-0.1125	-0.0579	-0.1984	-0.0604	0.3313	0.106	0.0561	-0.0153	-0.0135	0.073	0.0179	0.0452	16.3725	35.6278	-18.5437
16	1.5573	-2.1587	2.8075	2.6768	-3.9656	7.4518	0.0306	0.3	0.0654	-0.2472	-0.1224	-0.295	0.1638	0.3311	0.0918	0.0741	-0.0055	0.0071	0.1192	0.0197	0.0694	23.4255	32.1206	-12.5644
17	8.3084	0.1949	-3.8975	1.0765	0.1006	3.3124	0.0557	0.0371	0.1246	0.0264	-0.0368	0.0055	-0.0747	-0.0667	-0.0189	0.0261	0.0074	-0.0212	0.0356	-0.0003	0.0183	12.9526	31.419	5.275
18	0.8196	0.2805	0.2531	14.2799	-0.1846	3.5329	-0.0619	-0.2793	0.2158	0.924	-0.0932	0.1609	-0.4234	-0.2641	0.1551	0.1522	0.0095	-0.0282	0.1411	-0.0182	0.1086	-4.2011	38.3515	18.0777
19	5.0535	-3.1032	-0.4752	10.9669	-0.6192	3.6857	-0.0085	-0.2318	0.295	0.4087	-0.0519	0.0729	-0.2743	0.0483	0.0604	0.0942	-0.0022	0.0165	0.08	-0.0154	0.0977	-2.0204	47.6689	8.3667
20	2.0069	-0.5662	-1.0479	1.0459	1.0437	2.1713	0.0723	-0.0482	0.237	-0.027	0.0186	-0.0241	-0.2016	0.0199	-0.0909	0.0501	0.0042	-0.0022	0.0628	0.0008	0.0537	10.8333	41.9729	-1.8546
21	2.2186	-1.2437	-0.3905	1.0624	0.1242	0.0924	-0.0174	-0.0685	-0.0767	0.0995	-0.0651	0.2108	0.0231	-0.1744	0.0825	0.0706	-0.0004	-0.0079	0.1084	-0.0138	0.0663	-0.7725	34.9296	0.4249
22	5.1552	4.7681	-1.1339	19.4378	0.519	2.6901	-0.069	0.2307	0.4971	-0.8183	-0.0535	0.9434	-0.2011	-0.2309	0.1225	0.1124	0.0474	-0.0438	0.1351	0.01	0.1221	-3.3271	44.8556	-5.1634
23	3.2338	1.8203	-0.0097	4.2592	0.4977	1.0068	-0.006	0.0355	0.107	-0.0298	-0.0008	0.2719	0.0616	-0.0729	0.0068	0.0441	0.0099	-0.0154	0.0655	-0.0007	0.0385	4.8779	33.1668	-5.8588
24	4.9569	0.4534	2.2201	1.7895	0.5087	5.5069	0.0871	0.1418	0.399	-0.2266	-0.0547	-0.0208	-0.2851	-0.0998	-0.0324	0.1133	0.0026	0.0221	0.0709	0.0324	0.08	15.2168	46.018	-12.4161
25	3.1574	1.4826	-2.8408	1.2338	-2.1084	3.8055	0.0647	0.1284	0.0902	0.0368	0.0088	0.0801	-0.1285	-0.2023	-0.0734	0.0612	0.0102	0.0015	0.0676	-0.0171	0.0737	-0.4631	42.2566	3.6421
26	4.9743	0.7635	-3.3448	0.8102	-0.5688	2.9494	0.0112	0.0549	0.0609	0.0039	-0.0275	0.0634	-0.042	-0.1214	0.0163	0.0322	0.0055	-0.0181	0.0511	-0.0027	0.0354	9.4478	32.2641	1.8898
27	2.8206	-4.2026	5.3466	5.7871	-8.5762	14.5488	0.1577	0.2571	0.1852	-0.2491	-0.2106	-0.1431	-0.187	0.4724	0.0529	0.1239	-0.0068	0.0095	0.112	0.0103	0.1204	24.5952	42.9694	-11.8062
28	2.7567	2.5741	3.7019	0.9111	1.7277	10.1917	-0.252	0.3954	0.244	-0.4107	0.0653	-0.0934	-0.5229	0.3629	0.1867	0.2707	0.0071	0.0345	0.1742	0.0202	0.2018	20.8588	51.9585	-18.6249
29	7.1691	-2.2575	-4.0846	4.8557	-0.3097	9.642	0.0568	-0.3981	0.5386	0.3562	0.0477	-0.3386	-0.2275	0.4803	-0.1045	0.0873	-0.0122	-0.0158	0.0771	-0.0044	0.1268	23.0834	43.4957	-0.449
30	7.6154	-3.0672	-4.0355	4.2162	-1.2751	3.9849	-0.0349	-0.1088	-0.1937	-0.0495	0.1673	0.1624	-0.0717	0.2329	-0.1324	0.2045	-0.0128	-0.0345	0.1866	-0.0524	0.2025	13.563	45.9084	9.27

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	36 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	47 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	58 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	69 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	80 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	91 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	102 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	113 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	124 - 134
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	135 - 145
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	146 - 156
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	157 - 167
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	168 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	179 - 189
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	190 - 200
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	201 - 211
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	212 - 222
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	223 - 233
22	X-RAY DIFFRACTION	22	A	234 - 244
23	X-RAY DIFFRACTION	23	A	245 - 255
24	X-RAY DIFFRACTION	24	A	256 - 266
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	267 - 277
26	X-RAY DIFFRACTION	26	A	278 - 288
27	X-RAY DIFFRACTION	27	A	289 - 299
28	X-RAY DIFFRACTION	28	A	300 - 310
29	X-RAY DIFFRACTION	29	A	311 - 321
30	X-RAY DIFFRACTION	30	A	322 - 331

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 4 % / R_factor R_work: 0.168

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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