PDB-1ob1: Crystal structure of a Fab complex whith Plasmodium falciparum MSP1-19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ob1

タイトル

Crystal structure of a Fab complex whith Plasmodium falciparum MSP1-19

要素

ANTIBODY, HEAVY CHAIN
ANTIBODY, LIGHT CHAIN
MAJOR MEROZOITE SURFACE PROTEIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN-COMPLEX / IMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY FAB FRAGMENT / MSP1-19 / EGF-LIKE DOMAIN / SURFACE ANTIGEN / MALARIA VACCINE COMPONENT

機能・相同性

機能・相同性情報

vacuolar membrane / immunoglobulin receptor binding / side of membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Pizarro, J.C. / Chitarra, V. / Verger, D. / Holm, I. / Petres, S. / Dartville, S. / Nato, F. / Longacre, S. / Bentley, G.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Fab Complex Formed with Pfmsp1-19, the C-Terminal Fragment of Merozoite Surface Protein 1 from Plasmodium Falciparum: A Malaria Vaccine Candidate
著者: Pizarro, J.C. / Chitarra, V. / Verger, D. / Holm, I. / Petres, S. / Dartville, S. / Nato, F. / Longacre, S. / Bentley, G.A.

履歴

登録	2003年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1ob1.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ob1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ob1_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ob1_full_validation.pdf.gz	546.1 KB	表示
XML形式データ	1ob1_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	1ob1_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1ob1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1ob1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a3rS 1b9wS 2igfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s36-d 5fcu-d 7lsf-d 6mvl-d 7lsg-d 7lse-d 6plk-1 6ute-1 6k7o-2 6w0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
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#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
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組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTIBODY, HEAVY CHAIN

B: ANTIBODY, LIGHT CHAIN

C: MAJOR MEROZOITE SURFACE PROTEIN

D: ANTIBODY, HEAVY CHAIN

E: ANTIBODY, LIGHT CHAIN

F: MAJOR MEROZOITE SURFACE PROTEIN

ヘテロ分子

117 kDa, 6 ポリマー
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1

A: ANTIBODY, HEAVY CHAIN

B: ANTIBODY, LIGHT CHAIN

C: MAJOR MEROZOITE SURFACE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: ANTIBODY, HEAVY CHAIN

E: ANTIBODY, LIGHT CHAIN

F: MAJOR MEROZOITE SURFACE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.750, 213.460, 59.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	E
1	5	C
2	5	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	GLN	GLN	A	A	10 - 38	10 - 39
2	1	1	ILE	ILE	GLN	GLN	D	D	10 - 38	10 - 39
1	2	1	PRO	PRO	ILE	ILE	A	A	44 - 75	45 - 76
2	2	1	PRO	PRO	ILE	ILE	D	D	44 - 75	45 - 76
1	3	1	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	82 - 107	83 - 109
2	3	1	ASP	ASP	ARG	ARG	D	D	82 - 107	83 - 109
1	1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	1 - 37	1 - 37
2	1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	E	E	1 - 37	1 - 37
1	2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	44 - 101	44 - 108
2	2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	E	E	44 - 101	44 - 108
1	3	2	TRP	TRP	ALA	ALA	B	B	103 - 118	110 - 125
2	3	2	TRP	TRP	ALA	ALA	E	E	103 - 118	110 - 125
1	1	3	THR	THR	PHE	PHE	A	A	113 - 138	115 - 140
2	1	3	THR	THR	PHE	PHE	D	D	113 - 138	115 - 140
1	2	3	ILE	ILE	ASN	ASN	A	A	149 - 211	151 - 213
2	2	3	ILE	ILE	ASN	ASN	D	D	149 - 211	151 - 213
1	1	4	LEU	LEU	THR	THR	B	B	124 - 131	131 - 138
2	1	4	LEU	LEU	THR	THR	E	E	124 - 131	131 - 138
1	2	4	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	141 - 212	148 - 219
2	2	4	LEU	LEU	PRO	PRO	E	E	141 - 212	148 - 219
1	1	5	GLN	GLN	THR	THR	C	C	6 - 63	6 - 63
2	1	5	GLN	GLN	THR	THR	F	F	6 - 63	6 - 63
1	2	5	ILE	ILE	SER	SER	C	C	74 - 93	74 - 93
2	2	5	ILE	ILE	SER	SER	F	F	74 - 93	74 - 93

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

詳細

ONE TRIMER IS MADE UP OF HEAVY CHAIN A LIGHT CHAIN BAND MEROZOITE SURFACE PROTEIN 1 CHAIN C. THE OTHER TRIMER IS MADE UP OF HEAVY CHAIN D LIGHTCHAIN E AND MEROZOITE SURFACE PROTEIN 1 CHAIN FTHE CHAIN IN THE COMPLEX A, B, C IS 1691.4 ANGSTROM**2THE CHAIN IN THE COMPLEX D, E, F IS 1666.6 ANGSTROM**2

#1: 抗体	ANTIBODY, HEAVY CHAIN 分子量: 23659.107 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: G17-12 MURINE HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: A0A5E3*PLUS
#2: 抗体	ANTIBODY, LIGHT CHAIN 分子量: 23650.516 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: G17-12 MURINE HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#3: タンパク質	MAJOR MEROZOITE SURFACE PROTEIN 分子量: 11185.328 Da / 分子数: 2 / 断片: MSP1-19, RESIDUES 8-100 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 株: UGANDA PALO ALTO / 解説: SYNTHETIC GENE / Cell: MEROZOITE STAGE / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q25976
#4: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate 分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
Has protein modification	Y
配列の詳細	ANTIBODY RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M. ...ANTIBODY RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE KABAT CONVENTION (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, A K.S.GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGIC INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH BETHESDA) CHAINS A AND C HAVE A C-TERMINAL SIX RESIDUE HIS TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %

結晶化

pH: 6.5
詳細: 0.075M SODIUM ACETATE 0.038M SODIUM CACODYLATE, 11.3% PEG8000, 3% DIOXANE, pH 6.50

結晶化

*PLUS

温度: 291 K / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Pizarro, J.C., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, D58, 1246.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	11 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris	1	drop	pH7.4
3	0.075 M	sodium acetate	1	reservoir
4	0.038 M	sodium cacodylate	1	reservoir
5	11.3 %	PEG8000	1	reservoir
6	3 %	dioxane	1	reservoir	pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 27530 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.39 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.6
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / 冗長度*: 3.34 %
反射シェル	PLUS % possible obs*: 87.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2IGF, 1A3R, 1B9W

2igf

1a3r

1b9w

解像度: 2.9→105.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.854 / SU B: 21.27 / SU ML: 0.416 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	1368	5 %	RANDOM
R_work	0.257	-	-	-
obs	0.258	25850	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0 Å²	1.44 Å²
2-	-	3.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→105.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8132	0	10	0	8142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	8362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.267	1.937	11376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.529	3	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.478	15	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.292	0.3	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.5	761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.363	0.3	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.311	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.187	1.5	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.355	2	8549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.673	3	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.083	4.5	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	418	tight positional	0.03	0.05
1	2	D	418	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	1294	tight positional	0.04	0.05
2	2	E	1294	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	1981	tight positional	0.02	0.05
3	2	D	1981	tight positional	0.02	0.05
4	1	B	2567	tight positional	0.01	0.05
4	2	E	2567	tight positional	0.01	0.05
5	1	C	3167	tight positional	0.01	0.05
5	2	F	3167	tight positional	0.01	0.05
1	1	A	252	loose positional	0.23	5
1	2	D	252	loose positional	0.23	5
2	1	B	252	loose positional	0.03	5
2	2	E	252	loose positional	0.03	5
3	1	A	252	loose positional	0.01	5
3	2	D	252	loose positional	0.01	5
4	1	B	252	loose positional	0.01	5
4	2	E	252	loose positional	0.01	5
5	1	C	252	loose positional	0.01	5
5	2	F	252	loose positional	0.01	5
1	1	A	418	tight thermal	0.07	0.5
1	2	D	418	tight thermal	0.07	0.5
2	1	B	1294	tight thermal	0.57	0.5
2	2	E	1294	tight thermal	0.57	0.5
3	1	A	1981	tight thermal	1.34	0.5
3	2	D	1981	tight thermal	1.34	0.5
4	1	B	2567	tight thermal	1.8	0.5
4	2	E	2567	tight thermal	1.8	0.5
5	1	C	3167	tight thermal	1.88	0.5
5	2	F	3167	tight thermal	1.88	0.5
1	1	A	252	loose thermal	0.8	10
1	2	D	252	loose thermal	0.8	10
2	1	B	252	loose thermal	4.44	10
2	2	E	252	loose thermal	4.44	10
3	1	A	252	loose thermal	10.47	10
3	2	D	252	loose thermal	10.47	10
4	1	B	252	loose thermal	16.1	10
4	2	E	252	loose thermal	16.1	10
5	1	C	252	loose thermal	19.96	10
5	2	F	252	loose thermal	19.96	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.384	89
R_work	0.33	1731

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0057	0.3025	-0.2121	3.3009	1.6664	8.404	0.0077	0.309	-0.2376	-0.1216	-0.4483	0.4766	-0.2873	-0.8088	0.4406	0.0152	0.0624	-0.0629	0.3982	-0.1476	0.3464	0.3711	8.2554	10.5924
2	8.2447	1.46	0.6827	8.7224	2.5406	6.5914	0.3876	-0.6468	-1.8213	0.999	-0.2619	0.5993	1.81	-0.261	-0.1256	0.8984	-0.0277	-0.0571	0.3816	0.1962	0.6951	7.3157	-8.4296	23.7657
3	4.4674	-0.9736	-1.4963	5.5659	3.7117	10.3324	0.0133	-0.0866	0.7714	-0.8458	-0.2558	0.3867	-2.5565	-0.9028	0.2425	0.9171	0.1429	0.0166	0.3222	-0.1208	0.5038	10.6731	35.7045	23.6276
4	7.607	-0.2463	0.5109	10.5547	2.7275	7.8089	0.4265	-0.0527	1.9867	-1.1807	0.5583	-1.4343	-3.032	1.5647	-0.9848	1.5334	-0.747	0.5924	0.8241	-0.3307	0.976	31.0396	39.7716	15.4681
5	4.747	-0.7634	3.0213	9.8563	6.3285	10.4088	0.1643	-0.0439	0.0992	0.5931	0.2966	-0.7457	-0.2425	1.21	-0.4609	0.5654	-0.1636	-0.0456	0.7528	-0.0231	0.26	19.7025	16.8633	38.2882
6	5.0269	-0.7103	1.2059	10.9989	7.0146	9.846	-0.1574	0.2323	-0.3723	-0.0147	0.715	-0.396	-0.376	0.4992	-0.5576	0.238	-0.2124	0.1489	0.5717	-0.0947	0.2516	23.8311	11.737	2.1529
7	9.5969	5.4551	-0.6316	20.0774	-1.9622	6.1167	-1.0786	1.4617	-1.7848	-1.512	1.6648	1.2137	1.7103	-1.2764	-0.5862	0.8079	-0.4269	-0.141	1.587	-0.5537	1.3164	-17.163	-17.4107	-9.3258
8	12.7836	7.0558	-0.1429	26.5103	-6.8357	18.4233	-0.0172	2.0836	-5.053	-1.2832	-0.3395	-4.768	2.8027	1.2759	0.3567	0.9331	0.1237	0.2174	1.0957	-1.0326	3.276	-2.7904	-23.5546	-6.1193
9	46.5244	46.5358	-13.4463	67.51	-15.3783	6.5247	5.1344	0.7984	10.5178	7.9676	-0.4722	9.1753	-3.6638	-0.1382	-4.6622	3.6691	0.3424	1.292	0.694	-0.352	3.3954	14.2133	68.8091	40.5997
10	28.4184	6.7547	0.002	14.8233	-5.405	8.4909	1.6163	-3.3451	0.5791	2.4507	0.1289	-2.7167	-2.7913	1.2965	-1.7452	2.8553	-0.1859	-0.689	0.9111	-0.5426	2.3322	28.5872	61.371	41.7156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	1 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1096
7	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1097
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	111 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	121 - 219
11	X-RAY DIFFRACTION	9	D	111 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	10	E	121 - 219

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.258 / R_factor R_free: 0.288 / R_factor R_work: 0.256

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	r_plane_restr	0.005

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 2.98 Å / R_factor R_work: 0.33

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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