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- PDB-1oao: NiZn[Fe4S4] and NiNi[Fe4S4] clusters in closed and open alpha sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oao
タイトルNiZn[Fe4S4] and NiNi[Fe4S4] clusters in closed and open alpha subunits of acetyl-CoA synthase/carbon monoxide dehydrogenase
要素(CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE COMPLEX / ELECTRON TRANSFER / OXIDOREDUCTASE / ACETYL-COA FORMATION / WOOD/LJUNGDAHL PATHWAY / NICKEL
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / carbon fixation / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity ...CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / carbon fixation / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1 / Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Ribonuclease HI; Chain A / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal ...Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1 / Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5 / Ribonuclease HI; Chain A / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BICARBONATE ION / : / FORMYL GROUP / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / SULFUR OXIDE / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha / Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Darnault, C. / Volbeda, A. / Kim, E.J. / Legrand, P. / Vernede, X. / Lindahl, P.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Ni-Zn-[Fe4-S4] and Ni-Ni-[Fe4-S4] Clusters in Closed and Open Alpha Subunits of Acetyl-Coa Synthase/Carbon Monoxide Dehydrogenase
著者: Darnault, C. / Volbeda, A. / Kim, E.J. / Legrand, P. / Vernede, X. / Lindahl, P.A. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2003年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年11月27日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA
B: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA
C: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA
D: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,52361
ポリマ－309,6484
非ポリマー6,87557
水22,8971271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)244.570, 81.890, 167.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.161329, -0.978881, -0.125561), (-0.979049, -0.174762, 0.104504), (-0.124241, 0.106071, -0.986566)
ベクター: 182.588, 200.66499, 125.495)

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要素

-
CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA / CODH


分子量: 73006.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)
参照: UniProt: P27989, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor), anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: タンパク質 CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA / CODH


分子量: 81816.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア) / 参照: UniProt: P27988, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 12種, 1328分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#5: 化合物 ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#6: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#10: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#12: 化合物 ChemComp-SX / SULFUR OXIDE / スルフィニル


分子量: 48.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: OS
#13: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYZES THE INTERCONVERSION OF CO AND CO2 AND THE SYNTHESIS OF ACETYL-COENZYME A FROM THE ...CATALYZES THE INTERCONVERSION OF CO AND CO2 AND THE SYNTHESIS OF ACETYL-COENZYME A FROM THE METHYLATED CORRINOID/ IRON SULFUR PROTEIN, CO, AND COENZYME A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH8.0
32 mMsodium dithionite1drop
410 mMdithiothreitol1drop
51.95-2.10 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMHEPES1reservoirpH7.0-7.3
73-5 %(w/v)PEG4001reservoir
82 mMsodium dithionite1reservoir
9100-200 mMNDSB1951reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.2 Å / Num. obs: 479707 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 67.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 239946
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1JJY

1jjy
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.296 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 12687 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 239946 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20.13 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21674 0 281 1271 23226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02222631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3892.09430692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.23378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.211945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6531.513959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.173222528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12638629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4484.57941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 12 /
Rfactor反射数
Rfree0.209 1329
Rwork0.178 25613
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30490.0348-0.07990.3518-0.11610.381-0.02680.0613-0.0613-0.11280.00530.02770.0472-0.07580.02150.0916-0.0108-0.01110.0819-0.00110.1435136.737440.475944.6912
20.27280.0658-0.02770.2115-0.0530.3817-0.0013-0.03940.0332-0.0023-0.0145-0.0304-0.1220.06880.01580.0897-0.023-0.01020.05790.01180.1537159.460464.388268.8059
30.39010.1408-0.10340.466-0.08880.88420.006-0.06090.01270.0633-0.01790.0428-0.0352-0.05390.01180.02050.00410.00580.07890.02390.1232134.843341.523994.5118
42.91634.419-0.66178.5697-0.65392.47210.2552-0.26140.08340.531-0.3189-0.3321-0.28760.33410.06370.3074-0.0017-0.01290.35390.0370.2743143.667442.6221132.7691
51.0649-0.1793-0.2780.9407-0.10160.6865-0.0328-0.1382-0.15530.13340.01310.0632-0.00060.01830.01970.08320.00870.02140.12280.06870.1648138.842514.309118.4169
60.62290.11450.19050.7618-0.17431.1685-0.04350.15380.0829-0.16250.01840.0034-0.13030.04840.02510.2167-0.01690.00260.12050.0620.123152.31171.155120.1375
71.08831.4670.00645.4262-0.80035.0844-0.02640.2861-0.0137-0.30060.01030.38360.619-0.4060.01610.2913-0.0131-0.01580.36120.03920.2425142.352971.9484-17.1034
81.59990.0788-0.70750.7828-0.04894.49840.0769-0.18090.0330.1501-0.0923-0.0823-0.11750.73710.01550.3142-0.0719-0.02310.33630.14540.1957171.258689.5412-13.5509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 674
2X-RAY DIFFRACTION1A1679 - 1687
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 674
4X-RAY DIFFRACTION2B1679 - 1683
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 312
6X-RAY DIFFRACTION3C1738 - 1741
7X-RAY DIFFRACTION4C313 - 478
8X-RAY DIFFRACTION4C1742
9X-RAY DIFFRACTION5C479 - 729
10X-RAY DIFFRACTION5C1730 - 1737
11X-RAY DIFFRACTION6D2 - 312
12X-RAY DIFFRACTION6D1735
13X-RAY DIFFRACTION7D313 - 478
14X-RAY DIFFRACTION8D479 - 729
15X-RAY DIFFRACTION8D1730 - 1734
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. reflection all: 239946 / Num. reflection obs: 227259 / Rfactor Rfree: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.147
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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