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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oad | ||||||
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タイトル | Glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus in P21212 crystal form | ||||||
要素 | XYLOSE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / GLUCOSE ISOMERASE / XYLOSE ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES RUBIGINOSUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ramagopal, U.A. / Dauter, M. / Dauter, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Sad Manganese in Two Crystal Forms of Glucose Isomerase 著者: Ramagopal, U.A. / Dauter, M. / Dauter, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oad.cif.gz | 189.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oad.ent.gz | 148.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oad.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oad_validation.pdf.gz | 494.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oad_full_validation.pdf.gz | 531.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oad_validation.xml.gz | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oad_validation.cif.gz | 65.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oad | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.68035, -0.73289, 0.00093), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43284.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) STREPTOMYCES RUBIGINOSUS (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase |
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-非ポリマー , 7種, 921分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-TRS / | #7: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | N-TERMINAL MET NOT VISIBLE, NEXT RESIDUE (ASN) WITHOUT SIDE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 17 MG/ML PROTEIN, 12 % MPD, 0.1 M MGCL2, 50 MM TRIS BUFFER PH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月20日 / 詳細: FOCUSSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→35 Å / Num. obs: 300270 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.5 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 19.9 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.573 Å / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.254 / Num. reflection Rwork: 961 / Total num. of bins used: 20 |